使用 R 的池包重新連接到 PostgreSQL 數據庫

Question

我有一個用 R管道工構建的 API，它使用RPostgreSQL和池連接到 PostgreSQL 數據庫（盡管如果我使用的是 Shiny 應用程序，這也適用）：

# create the connection pool
pool <- dbPool(
  drv = PostgreSQL(),
  host = Sys.getenv("DB_HOST"),
  port = 5432,
  dbname = "db",
  user = Sys.getenv("DB_USER"),
  password = Sys.getenv("DB_PASSWORD")
)

# start the API
pr <- plumb("plumber.R")

# on stop, close the pool
pr$registerHooks(
  list("exit" = function() { poolClose(pool) })
)

我想每天導入新數據。 最簡單的方法是創建一個新數據庫並將其提升到生產環境：

CREATE DATABASE db_new;
-- create the tables
-- bulk-insert the data
SELECT pg_terminate_backend (pid) FROM pg_stat_activity WHERE datname = 'db';
DROP DATABASE db;
ALTER DATABASE db_new RENAME TO db;

這很快，並最大限度地減少了停機時間。 問題是pool然后失去與數據庫的連接並且不會自動嘗試重新連接：

> tbl(pool, "users")
Error in postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) : 
  RS-DBI driver: (could not Retrieve the result : FATAL:  terminating connection due to administrator command
server closed the connection unexpectedly
    This probably means the server terminated abnormally
    before or while processing the request.
)

即使我不是每天都更換數據庫，數據庫服務器偶爾會重新啟動，這也會導致我的應用程序崩潰。 重新連接似乎不是池、RPostgreSQL 或 DBI 的功能。 有誰知道處理這個問題的方法？

Answer 1

我最近遇到了一個類似的問題，因為當超過實例的wait_timeout時 MySQL 連接被關閉。 我在 RStudio Community 上看到了您的帖子，並受到了您的解決方案的啟發。 如果您仍在使用它，並且正在尋找在包裝您使用的實際函數時避免額外查詢的解決方案，這里有一個 reprex 演示了我想出的東西，以及一個證明它有效的例子：

library(dplyr, warn.conflicts = FALSE)
library(pool)
library(RMariaDB)

generate_safe_query <- function(pool) {
  function(db_function, ...) {
    tryCatch({
      db_function(pool, ...)
    }, error = function(e) {
      if (grepl("Lost connection to MySQL server during query", e$message)) {
        # Preserve `validationInterval` so that it can be restored
        validation_interval <- pool$validationInterval
        # Trigger destruction of dead connection
        pool$validationInterval <- 0
        refreshed_connection <- poolCheckout(pool)
        poolReturn(refreshed_connection)
        # Restore original `validationInterval`
        pool$validationInterval <- validation_interval
        # Execute the query with the new connection
        db_function(pool, ...)
      } else {
        # Unexpected error
        stop(e)
      }
    })
  }
}

mysql_pool <- dbPool(MariaDB(),
                     host = "127.0.0.1",
                     username = "root",
                     password = "",
                     dbname = "test")

safe_query <- generate_safe_query(mysql_pool)

# Works
safe_query(tbl, "notes")
#> # Source:   table<notes> [?? x 2]
#> # Database: mysql 8.0.15 [root@127.0.0.1:/test]
#>      id note 
#>   <int> <chr>
#> 1     1 NOTE1

# Set the `wait_timeout` to 5 seconds for this session
invisible(safe_query(dbExecute, "SET SESSION wait_timeout = 5"))

# Wait longer than `wait_timeout` to trigger a disconnect
Sys.sleep(6)

# Still works; warning will appear notifying that connection was
# destroyed and replaced with a new one
safe_query(tbl, "notes")
#> Warning: It wasn't possible to activate and/or validate the object. Trying
#> again with a new object.
#> # Source:   table<notes> [?? x 2]
#> # Database: mysql 8.0.15 [root@127.0.0.1:/test]
#>      id note 
#>   <int> <chr>
#> 1     1 NOTE1

safe_query(poolClose)
# Or, equivalently: 
# poolClose(mysql_pool)

^{由reprex 包(v0.3.0) 於 2019 年 5 月 30 日創建}

generate_safe_query返回的函數將適用於任何數據庫查詢函數（例如dbExecute 、 dbGetQuery等）。 顯然，您需要更新它匹配的錯誤消息以滿足您的需要。

我還針對我認為應該包含在dbPool中的選項打開了我自己的社區主題，該選項將減輕對此類變通方法的需求。

Answer 2

我正在使用具有以下功能的普通 DBI（無池）來始終為 DBI 調用建立活動連接（例如 DBI::dbExistsTable(rdsConnect(), "mytable")）。

#' Connect returns a database connection.
#' Retrieves the connection parameters from configuration.
#' 
#' FIXME: dbIsValid is not implemented
#' https://github.com/tomoakin/RPostgreSQL/issues/76
#' workaround implemented with isPostgresqlIdCurrent()
#' @return rds allocated connection
rdsConnect <- function() {
  if (!((exists("rds") && (isPostgresqlIdCurrent(rds))))) {
    source('./config.R', local = TRUE)
    print("New PostgreSQL connection")
    rds <<- DBI::dbConnect(RPostgreSQL::PostgreSQL(),
      dbname = rds_params("rds_database"),
      host = rds_params("rds_host"),
      user = rds_params("rds_user"),
      password = rds_params("rds_password")
    )
  } else print("Valid PostgreSQL connection")
  return(rds)
}