GGPLOT2; 根據原始計數數據創建箱線圖

Question

我正在嘗試從一個數據框在ggplot2中創建一個箱形圖，其中包含有關來自多個樣本的計數數據的信息。 在我的情況下，對於6個樣本中的每個樣本，每個基因都記錄一個計數。

所以它看起來像這樣：

df <- data.frame(sample(c(1:100), 20, replace = T), sample(c(1:100), 20, replace = T),
                 sample(c(1:100), 20, replace = T), sample(c(1:100), 20, replace = T),
                 sample(c(1:100), 20, replace = T), sample(c(1:100), 20, replace = T))
names(df) <- paste0("Sample-", c(1:6))
rownames(df) <- paste0("Gene-", c(1:20))

這是我嘗試過的：

bp <- ggplot(df, aes(x = names(df), y = )) + geom_boxplot()

但是我有0個想法要為y值輸入什么。 從字面上看沒有任何線索。 我敢肯定我什至沒有正確指示x軸。 對於這個非常基本的問題，我將不勝感激。 對於這樣一個簡單的問題，我感到抱歉。

Answer 1

當數據采用整齊的“長”格式而不是“寬”格式時， ggplot效果最佳。 您可以使用tidyr::gather將樣本放入一列，並將其值放入另一列：

library(tidyverse)

set.seed(1001) # for reproducible example data
# generate df here as in your question

df %>% 
  gather(Sample, Count) %>% 
  ggplot(aes(Sample, Count)) + 
  geom_boxplot()

結果：

Answer 2

像這樣？

library(tidyverse)
df2 <- df %>% 
  gather(sample, value)

ggplot(df2, aes(sample, value)) +
  geom_boxplot() + coord_flip()