[英]The sort command in linux does not work “correctly”
我在Linux上工作, sort
命令返回的不是預期的。
輸入文本:
$ cat input.txt
rep1_1.fq
rep1_2.fq
rep12_1.fq
rep12_2.fq
命令和輸出:
$ sort input.txt
rep1_1.fq
rep12_1.fq
rep12_2.fq
rep1_2.fq
$ sort --version
sort (GNU coreutils) 8.28
Copyright (C) 2017 Free Software Foundation, Inc.
License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
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There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.
Written by Mike Haertel and Paul Eggert.
排序后,我預計rep1_2.fq
將在rep1_1.fq
之后,但結果是不同的。
解決了
根據@ Federico klez Culloca的建議,使用LC_ALL=C
$ LC_ALL=C sort input.txt
rep12_1.fq
rep12_2.fq
rep1_1.fq
rep1_2.fq
編輯
使用LC_ALL=C
還修復目錄中的排序文件。
如果當前目錄中有四個文件:
$ LC_ALL= ls
rep1_1.fq rep12_1.fq rep12_2.fq rep1_2.fq
$ LC_ALL=C ls
rep12_1.fq rep12_2.fq rep1_1.fq rep1_2.fq
嘗試使用version-sort
。 從手冊:
-V, --version-sort
natural sort of (version) numbers within text
這是使用您的示例的輸出:
$ sort -V input.txt
rep1_1.fq
rep1_2.fq
rep12_1.fq
rep12_2.fq
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