安裝失敗 - R 包 Boom 0.9 在 Ubuntu 18.04 上

Question

我無法在 Ubuntu 18.04 上安裝 Boom 0.9，安裝 Boom 0.8 沒有問題。 但是，我們需要 0.9 作為 CausalImpact 的先決條件。

 g++: internal compiler error: Killed (program cc1plus) Please submit a full bug report, with preprocessed source if appropriate. See <file:///usr/share/doc/gcc-7/README.Bugs> for instructions. /usr/lib/R/etc/Makeconf:176: recipe for target 'Models/Glm/PosteriorSamplers/fill_poisson_mixture_approximation_table_2.o' failed make[1]: *** [Models/Glm/PosteriorSamplers/fill_poisson_mixture_approximation_table_2.o] Error 4 make[1]: *** Waiting for unfinished jobs.... make[1]: Leaving directory '/tmp/RtmpKl6J7B/R.INSTALL90e7ca998b2/Boom/src' ERROR: compilation failed for package 'Boom' * removing '/usr/local/lib/R/site-library/Boom' The downloaded source packages are in '/tmp/RtmpIk7UFT/downloaded_packages' Warning message: In install.packages("Boom") : installation of one or more packages failed, probably 'Boom'

我確保 build-essential 是最新可用的最新版本（並嘗試了 g++-8）。

Answer 1

看看： https : //cran.r-project.org/web/checks/check_results_Boom.html

檢查頁面說“GNU make”是一個未聲明的 SystemRequirement。

版本：0.9.1 檢查：Makefiles 中的 GNU 擴展結果：注意 GNU make 是一個 SystemRequirements。

由於您的安裝過程在 make[1] 處似乎也失敗了，因此檢查是否安裝了 GNU make 可能是有意義的。

Answer 2

我認為貴組織中的其他人可能已經就此與我聯系過。 我們正在飛行中調試。

Boom 是一個大包，在構建時可能會超時。 首先要檢查的是，您是否能夠使用多個內核進行構建（即您可以通過 -jx 標志來進行構建）。

作為診斷，您可以嘗試在不涉及 R. Clone https://github.com/steve-the-bayesian/BOOM 的情況下構建包，並使用 bazel（最新）或 make（不太過時）構建。 如果此構建成功，則比較傳遞給 R 構建與本機構建的標志。

為了更好地了解 R 在哪里失敗，請從 CRAN https://cran.r-project.org/src/contrib/Boom_0.9.1.tar.gz下載 Boom 包，然后從命令行 R CMD CHECK Boom_0 嘗試以下操作。 9.1.tar.gz

這可能會失敗，但它會生成一個名為 Boom.Rcheck 的目錄，其中包含一個包含所有編譯器輸出的文件 00install.out。

令人懷疑的是，上面的構建在 poisson_mixture_approximation_table 上失敗，這是一個可能會溢出堆棧的大文件。 或者這可能是巧合。

Answer 3

從源代碼安裝 Boom 包（也在 Docker 構建期間）可能由於以下幾個原因而失敗：

• 低內存專業核心
• 低堆棧大小
• 構建過程超時（可能）

我們目前為 Docker 使用以下設置：

• 核心：4
• 內存：8GB

在開始安裝之前，我們可以使用以下命令將堆棧大小設置為 16MB：

碼頭工人：

RUN ulimit -s 16384 \
    && R -e 'install.packages("Boom");'

Linux：

ulimit -s 16384 \
    && R -e 'install.packages("Boom");'

注意：堆棧大小是與操作系統相關的配置，可能因所使用的主機操作系統而異。

注意：安裝boom 包的命令可能因您的應用程序而異。 我們使用例如packrat。

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