如何在條件語句中的for循環迭代器上使用比較語句？

Question

我正在迭代一個大的（300+列和1 000 000+行）.txt文件（制表符分隔）。 文件格式：

species 1    ...    sample1(11th col)    sample2    ....    sampleN(353th col)
species 2    ...    6046                 5364               ....
species 3    ...    15422                0                  ....

每行是一個物種，從第11欄開始，每列都是一個樣本。 對於每個樣本，我想知道該樣本中有多少物種的值大於0.所以我要做的是迭代每一行，看看哪個樣本的值大於0，如果是，則添加1.所以對於每個樣本，1的總和是值大於0的行的總量。

為此，我使用以下代碼：

samples = []
OTUnumber = []

with open('all.16S.uniq.txt','r') as file:
     for i,line in enumerate(file): 
        columns = line.strip().split('\t')[11:353] 
        if i == 0: #headers are sample names so first row
            samples = columns #save sample names 
            OTUnumbers = [0 for s in samples] #set starting value as zero
        else:
            for n,v in enumerate(columns):
                if v > 0:
                    OTUnumber[n] = OTUnumber[n] + 1
                else:
                    continue

result = dict(zip(samples,OTUnumbers))

當我運行這個代碼時，我得到以下錯誤： TypeError: '>' not supported between instances of 'str' and 'int' if v > 0則引發此錯誤。 為什么我不能寫這個陳述？

因此，如果列[n]> 0的v我想在該索引處向OTUnumber添加1。 如果v <0我想跳過那一行而不加1（或加0）。

如何使此代碼有效？

Answer 1

當我運行這個代碼時，我得到以下錯誤： TypeError: '>' not supported between instances of 'str' and 'int'如果v > 0則引發此錯誤。 為什么我不能寫這個陳述？

正如錯誤所示，您正在嘗試對字符串和int使用比較運算符> ，這是不允許的。 v是一個字符串，而不是整數。 大概你想使用int(v) > 0而不是v > 0 ，或者開始使用以下內容。

columns = [int(v) for v in line.strip().split('\t')[11:353]] 

Answer 2

嘗試這個：

samples = []
OTUnumbers = []

with open('all.16S.uniq.txt','r') as file:
     for i,line in enumerate(file): 
        columns = line.strip().split('\t')[11:353] 
        if i == 0: #headers are sample names so first row
            samples = columns #save sample names 
            OTUnumbers = [0 for s in samples] #set starting value as zero
        else:
            for n,v in enumerate(columns):
                if int(v) > 0:
                    OTUnumbers[n] = OTUnumbers[n] + 1
                else:
                    continue

result = dict(zip(samples,OTUnumbers))

這基本上是2個修復：

• 將v為int
• 重命名OTUnumber到OTUnumbers中的所有代碼

Answer 3

所以問題是在你的文本文件中有記錄是字符串，你的代碼試圖將一個整數與一個拋出TypeError異常的字符串進行比較

要使代碼工作，您可以在比較之前將記錄轉換為int，即int(v) > 0