當打開gzip壓縮文件時，Perl給出“ gzip：stdout：管道破裂”錯誤，但僅在連接到數據庫時

Question

考慮以下在Linux機器上運行的程序，該程序將打開壓縮后的輸入文件：

#!/usr/bin/env perl

open (my $fileHandle, "-|", "/bin/zcat $ARGV[0]");
my $ff = <$fileHandle>;
close($fileHandle);

可以按預期工作（它什么也不做，但是不打印錯誤）：

$ bar.pl file.gz
$

現在，如果我使用相同的代碼但以前連接到MySQL數據庫，則gzip會抱怨（您可以直接運行代碼，這是一個開放的數據庫，並且憑據可以使用）：

#!/usr/bin/env perl
use DBI;
use strict;
use warnings;

my $dsn = "DBI:mysql:database=hg19;host=genome-mysql.cse.ucsc.edu";
my $db =  DBI->connect($dsn, 'genomep', 'password');
my $dbResults = $db->prepare("show tables");
my $ret = $dbResults->execute();
$dbResults->finish();
$db->disconnect();

open (my $fileHandle, "-|", "/bin/zcat $ARGV[0]");
my $ff = <$fileHandle>;
close($ff);

運行上面的給出：

$ foo.pl file.gz 

gzip: stdout: Broken pipe

顯然，這是一個更復雜的程序的一部分，但是我設法將其縮小為可重現該問題的這個愚蠢的代碼段。

這是怎么回事？ 為什么連接到數據庫會影響gzip的行為？ 請注意，一切似乎都可以正常工作（在實際程序中，我對壓縮后的數據做了一些有用的事情），但是為什么會收到該錯誤消息？

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事實證明，此行為特定於（略）舊版本的Perl和/或DBI。 在失敗的機器上，我有：

• Ubuntu的
• 為x86_64-linux-gnu-thread-multi構建的Perl 5，版本22，版本1（v5.22.1）
• DBI 1.634
• DBD 4.033
• gzip 1.6

但是，在另外兩台計算機上，它確實可以工作。 這些有：

• Ubuntu的
• 為x86_64-linux-gnu-thread-multi構建的Perl 5，版本26，版本1（v5.26.1）
• DBI 1.640
• DBD 4.033
• gzip 1.6

和

• Arch Linux
• 為x86_64-linux-thread-multi構建的Perl 5，版本30，版本0（v5.30.0）
• DBI 1.642
• DBD 4.050
• gzip 1.10

Answer 1

至少在這里，似乎MySQL庫（可能）正在屏蔽（忽略）SIGPIPE，這就是您所看到的。 比較strace輸出，我在MySQL運行中看到這樣的一行：

rt_sigaction(SIGPIPE, {sa_handler=SIG_IGN, sa_mask=[PIPE], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART, sa_restorer=0x7f78bdf16840}, {sa_handler=SIG_DFL, sa_mask=[], sa_flags=0}, 8) = 0

事實證明，您可以在沒有MySQL的情況下輕松復制行為：

$SIG{PIPE} = 'IGNORE';

open (my $fileHandle, "-|", "/bin/zcat $ARGV[0]");
my $ff = <$fileHandle>;
close($ff);

或者，您也可以將信號重置為默認處理程序，以使消息消失，即使在連接到MySQL之后，也可以將其設置為DEFAULT而不是IGNORE 。

順便說一下，這是MySQL庫的已記錄行為 ：

為了避免在連接終止時終止程序，MySQL會在首次調用mysql_library_init（），mysql_init（）或mysql_connect（）時阻止SIGPIPE。

（它也可能取決於gzip版本；也許某些gzip版本在init上設置了信號處理程序。）

最終，您看到的是，如果gzip獲得SIGPIPE，它將退出。 如果從寫入返回錯誤（因為SIGPIPE被忽略），它將打印一條錯誤消息。

Answer 2

很可能正在發生以下情況：gzip嘗試寫入管道，您身邊的程序未讀取到eof，關閉管道。 Gzip然后收到一個SIGPIPE，並死於此錯誤消息。 您可以確認發生了嗎？