C++ 程序從 R 調用時無法運行（符號查找錯誤）

Question

我有一個 c++ 程序 Alpine3d，當我從命令行調用它時它運行良好。 該程序使用 MongoCXX 到 output 數據到 MongoDB。

在一台 Ubuntu 18 PC 上，我可以使用“系統”命令從 R 成功運行 Alpine3d。 但是，在另一台 Ubuntu 18 PC 上，Alpine3D 從命令行正確運行，嘗試從 R 運行 Alpine3D 會引發錯誤：

alpine3d: symbol lookup error: /usr/local/lib/libmongocxx.so._noabi: undefined symbol: mongoc_transaction_opts_destroy

這個庫 /usr/local/lib/libmongocxx.so._noabi 存在。 我懷疑可能是 MongoCXX 安裝不正確，但重新安裝后我不這么認為。

基於此線程， 加載共享庫時出錯：libbsoncxx.so._noabi: cannot open shared object file: No such file or directory ，我還使用了 CMakeLists.txt 以確保 Mongo 和 BSON 庫正確鏈接看起來他們被成功撿起。

有什么想法要調查嗎？ 如果有人知道從哪里開始，很高興展示一些代碼。

感謝您的任何想法！

[更新] 回應拉爾夫的評論：

ldd $(which alpine3d)在命令行的output是：

$ ldd $(which alpine3d)
    linux-vdso.so.1 (0x00007ffc097aa000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f15a5675000)
    libbsoncxx.so._noabi => /usr/local/lib/libbsoncxx.so._noabi (0x00007f15a5458000)
    libmongocxx.so._noabi => /usr/local/lib/libmongocxx.so._noabi (0x00007f15a51cb000)
    libalpine3d.so.3 => /usr/local/lib/libalpine3d.so.3 (0x00007f15a4f39000)
    libmeteoio.so.2 => /usr/local/lib/libmeteoio.so.2 (0x00007f15a4b0f000)
    libsnowpack.so.3 => /usr/local/lib/libsnowpack.so.3 (0x00007f15a480a000)
    libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007f15a4481000)
    libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f15a40e3000)
    libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f15a3ecb000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f15a5c7f000)
    libbson-1.0.so.0 => /usr/local/lib/libbson-1.0.so.0 (0x00007f15a3c91000)
    libmongoc-1.0.so.0 => /usr/local/lib/libmongoc-1.0.so.0 (0x00007f15a3a06000)
    libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f15a37d7000)
    libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f15a35b8000)
    libproj.so.12 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libproj.so.12 (0x00007f15a334f000)
    liblapack.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/liblapack.so.3 (0x00007f15a2ac9000)
    libblas.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libblas.so.3 (0x00007f15a286e000)
    librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f15a2666000)
    libresolv.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libresolv.so.2 (0x00007f15a244b000)
    libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f15a222e000)
    libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f15a202a000)
    libopenblas.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblas.so.0 (0x00007f159fd84000)
    libgfortran.so.4 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.4 (0x00007f159f9a5000)
    libquadmath.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 (0x00007f159f765000)

其中顯示了 libmongocxx 等的鏈接。

從 R：

system("ldd $(which alpine3d)")
    linux-vdso.so.1 (0x00007ffe0d5f2000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f1fa84e4000)
    libbsoncxx.so._noabi => /usr/local/lib/libbsoncxx.so._noabi (0x00007f1fa82c7000)
    libmongocxx.so._noabi => /usr/local/lib/libmongocxx.so._noabi (0x00007f1fa803a000)
    libalpine3d.so.3 => /usr/local/lib/libalpine3d.so.3 (0x00007f1fa7da8000)
    libmeteoio.so.2 => /usr/local/lib/libmeteoio.so.2 (0x00007f1fa797e000)
    libsnowpack.so.3 => /usr/local/lib/libsnowpack.so.3 (0x00007f1fa7679000)
    libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007f1fa72f0000)
    libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f1fa6f52000)
    libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f1fa6d3a000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f1fa8aee000)
    libbson-1.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libbson-1.0.so.0 (0x00007f1fa6b03000)
    libmongoc-1.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmongoc-1.0.so.0 (0x00007f1fa6890000)
    libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f1fa6661000)
    libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f1fa6442000)
    libproj.so.12 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libproj.so.12 (0x00007f1fa61d9000)
    liblapack.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/liblapack.so.3 (0x00007f1fa5953000)
    libblas.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libblas.so.3 (0x00007f1fa56f8000)
    librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f1fa54f0000)
    libssl.so.1.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libssl.so.1.1 (0x00007f1fa5263000)
    libcrypto.so.1.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcrypto.so.1.1 (0x00007f1fa4d98000)
    libsnappy.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libsnappy.so.1 (0x00007f1fa4b90000)
    libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f1fa4973000)
    libresolv.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libresolv.so.2 (0x00007f1fa4758000)
    libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f1fa4554000)
    libopenblas.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblas.so.0 (0x00007f1fa22ae000)
    libgfortran.so.4 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.4 (0x00007f1fa1ecf000)
    libquadmath.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 (0x00007f1fa1c8f000)

我現在可以看到文件夾是不同的。 R 從哪里得到這個變量是不同的？ 再次感謝！

Answer 1

感謝拉爾夫的評論，我明白了這一點。 我必須從命令行和從源代碼構建安裝 libmongoc。 要卸載 /usr/lib/x86_64-linux-gnu 中的版本，我只需使用命令行：

sudo apt-get remove libmongoc-1.0-0