顯示所有變體

Question

我有一個 2GB 的 vcf DNA 文件，我正在嘗試使用 vcf_to_zarr() 打印出具有所有固定字段的所有變體，但我收到錯誤 KeyError: 'variants/*'

allel.vcf_to_zarr

 import allel import numcodecs import zarr def readVcf(): allel.vcf_to_zarr('actual.vcf', 'example.zarr', fields='*', overwrite=True) callset = zarr.open_group('example.zarr', mode='r') allfield=callset['variants/*'] for a in allfield: print(a)

Answer 1

要遍歷所有變體字段，請執行以下操作：

for a in callset['variants']:
    print(a)

Zarr 不理解層次結構路徑中的通配符 ('*')。