rJava 無法在服務器上安裝

Question

我正在嘗試在運行 Linux 的超級計算機的服務器上安裝rJava以執行 MaxEnt（Dismo 包）。 所有其他包都已成功，但 rJava 繼續報錯。

我已遵循此線程的答案，包括使用R CMD javareconf將jre添加到我的文件路徑，並安裝新的 JDK 並將其指定為 $JAVA_HOME。 不幸的是，由於我在服務器上的角色，我無法使用apt-get function，盡管我相信這將是最好的解決方案，因為它會更正我必要的文件路徑。 但是，也許我錯過了導致錯誤的其他內容。

這是我正在使用的 Java 版本：-openjdk 版本“1.8.0_181”-OpenJDK 運行時環境（構建 1.8.0_181-b13）-OpenJDK 64 位服務器 VM（構建 25.181-b13，混合模式）

這是產生的錯誤消息

checking whether ~/Core/java/1.8.0_121/bin/javah actually works... no
checking whether javah was replaced by javac -h... no
configure: error: one or more Java tools are missing.

*** JDK is incomplete! Please make sure you have a complete JDK. JRE is *not* sufficient.
configure: error: ./configure failed for jri
ERROR: configuration failed for package 'rJava'
* removing '/home/afila/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/rJava'

The downloaded source packages are in
        '/tmp/RtmpvYtNJY/downloaded_packages'

Answer 1

我遇到的問題確實是權限問題。 有人通過使用proot模擬根系統幫助我解決了這個問題。 之后就是重新配置目錄和 R 對它的訪問權限的問題。

在 Unix

mkdir ~/etc cp -a $EBROOTR/lib64/R/etc/* ~/etc proot -b R CMD javareconf -e

在 R

install.packages("rJava") library(rJava)