在 Python 2.7 中使用 stdin、stdout 和 stderr 的正確方法是什么？

Question

有沒有人有在 Python 中使用 subprocess.call 命令的經驗？ 每當我的代碼中出現這樣的行時，我就會不斷收到錯誤消息：

INFILE1 = open(script_dir+"/Scripts/plot_TSS_profile.R","r")
  subprocess.call("Rscript","--slave","--args",filenames["housekeeping_profile"]+" "+filenames["unexpressed_profile"]+" "+filenames["profile_plot"],stdin=INFILE1,  stderr=ERR_LOG,stdout=OUT_LOG,shell=True)
   INFILE1.close(). 

如果我將代碼保留原樣，我會收到一個錯誤，即程序出於某種原因為每個 stdin、stderr 和 stdout 找到多個值，即使這些是代碼中唯一的值。 如果我取出這些參數並將 infile 放在“--args”后面的括號中，它似乎不會讀取文件，因為它說“緩沖區應該是一個整數”。

例如，這種方式給出了緩沖區錯誤：

INFILE1 = script_dir+"/Scripts/plot_TSS_profile.R"
    subprocess.call("Rscript",INFILE1,"--slave","--args",filenames["housekeeping_profile"]+" "+filenames["unexpressed_profile"]+" "+filenames["profile_plot"],stderr=ERR_LOG,shell=True)
    INFILE1.close()

以下是我的錯誤輸出以獲得更具體的信息：

buffsize 上的一個：

回溯（最近一次通話）：文件“/mnt/work1/users/pughlab/projects/IEG_MiSEQ/Inferring_DNA_Expression/ExpressionPrediction-master/expression_prediction.py”，第 277 行，在

    step5(ERR_LOG,OUT_LOG,args,proj_dir,script_dir,filenames)
  File "/mnt/work1/users/pughlab/projects/IEG_MiSEQ/Inferring_DNA_Expression/ExpressionPrediction-master/expression_prediction.py", line 165, in step5
    subprocess.call("Rscript",INFILE1,"--slave","--args",filenames["housekeeping_profile"]+" "+filenames["unexpressed_profile"]+" "+filenames["profile_plot"],stderr=ERR_LOG,shell=True)
  File "/mnt/work1/software/centos7/python/2.7.15/lib/python2.7/subprocess.py", line 172, in call
    return Popen(*popenargs, **kwargs).wait()
  File "/mnt/work1/software/centos7/python/2.7.15/lib/python2.7/subprocess.py", line 343, in __init__
    raise TypeError("bufsize must be an integer")
TypeError: bufsize must be an integer

另一個關於存在多個值的錯誤：

 Traceback (most recent call last):
  File "/mnt/work1/users/pughlab/projects/IEG_MiSEQ/Inferring_DNA_Expression/ExpressionPrediction-master/expression_prediction.py", line 272, in <module>
    step5(ERR_LOG,OUT_LOG,args,proj_dir,script_dir,filenames)
  File "/mnt/work1/users/pughlab/projects/IEG_MiSEQ/Inferring_DNA_Expression/ExpressionPrediction-master/expression_prediction.py", line 165, in step5
    subprocess.call("Rscript","--slave","--args",filenames["housekeeping_profile"]+" "+filenames["unexpressed_profile"]+" "+filenames["profile_plot"],stdin=INFILE1,stderr=ERR_LOG,stdout=OUT_LOG,shell=True)
  File "/mnt/work1/software/centos7/python/2.7.15/lib/python2.7/subprocess.py", line 172, in call
    return Popen(*popenargs, **kwargs).wait()
TypeError: __init__() got multiple values for keyword argument 'stdin'

謝謝

Answer 1

主要問題是call需要一個參數列表或一個單獨的字符串以供 shell 解析。 你在這里似乎不需要shell=True ； 只需創建您嘗試傳遞的所有位置參數的單個列表。

with open(script_dir+"/Scripts/plot_TSS_profile.R","r") as INFILE1:
    cmd = [
        "Rscript",
        "--slave",
        "--args",
        filenames["housekeeping_profile"], 
        filenames["unexpressed_profile"],
        filenames["profile_plot"]
    ]
    subprocess.call(cmd, stdin=INFILE1, stderr=ERR_LOG, stdout=OUT_LOG)

傳遞多個位置參數意味着本應通過關鍵字參數（如stdin等）設置的參數被分配了作為要執行命令的一部分的值。