有時命令在升級到 R 4.0 和 Ubuntu 20.04 后不會終止

Question

I have upgraded R (from 3.6 to 4.0) and RStudio (from 1.1 to 1.2.5) a few days ago, and Ubuntu from 18.04 to 20.04 yesterday.

從那時起，R有時在執行某些命令時永遠不會終止： ivreg （來自 package AER ）、 summary （來自 logit 回歸）和logitmfx （來自mfx ）。 有時這些命令運行良好，但大多數時候我必須終止進程（ killall rstudio ），因為 R 不會終止執行，即使按下 Z0040CD1E256CD59F81061F5F8C7A931 中的紅色停止按鈕也是如此。

當我嘗試example('AER')時，它運行良好。 然后我重新安裝了 package AER 。 它In readLines(file, skipNul = TRUE): cannot open compressed file '/usr/lib/R/site-library/[package]/DESCRIPTION', probable reason 'No such file or directory'其中[package]是abind ， colorspace ， dichromat ...（但不是AER ）。

從那時起example('AER')拋出警告： no help found for 'AER' 。

我已經刪除並重新安裝了 R 4.0：它沒有幫助。 此外， apt purge r-base* r-recommended r-cran-*發出警告： dpkg: warning: while removing r-base-core, directory '/usr/lib/R/site-library' not empty so not removed 。 另外，還有一堆Package [package] is not installed, so not removed ，包括 for [package]等於r-cran-abind和上面列出的其他（這個purge還返回了一堆Note, selecting [package] for glob 'r-cran-*' ）。

我沒有嘗試在沒有 RStudio 的情況下使用 R。 在升級到 Ubuntu 20.04 期間，我可能正在研究 RStudio。 另外，我不記得這個問題是在我升級 R 和 RStudio （這是我最好的猜測）之后還是在我升級 Ubuntu 之后開始的（a）。

我希望有人能幫幫忙。

Answer 1

該解決方案由 Dirk Eddelbuettel 和 Sébastien Villemot 通過r-sig-debian 郵件列表提供。

我不知道這是否有必要，但我首先做了：

sudo update-alternatives --config libblas.so.3-x86_64-linux-gnu

和 select /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3 （而不是pthread ）。

然后（這有效）：

sudo apt install  libopenblas-openmp-dev
sudo apt remove libopenblas-pthread-dev libopenblas0-pthread