在 for 循環期間檢索 R 中的 Seurat object 名稱

Question

我正在研究 Seurat 上的單細胞 rna-seq，我正在嘗試在 Seurat 對象上創建一個 for() 循環，以繪制幾個平均基因表達的熱圖。

for(i in c(seuratobject1, seuratobject2, seuratobject3)){
  cluster.averages <- data.frame(AverageExpression(i, features = genelist))
  cluster.averages$rowmeans <- rowMeans(cluster.averages)
  genelist.new <- as.list(rownames(cluster.averages))
  cluster.averages <- cluster.averages[order(cluster.averages$rowmeans),]
  HMP.ordered <- DoHeatmap(i, features = genelist.new, size = 3, draw.lines = T)
  ggsave(HMP.ordered, file=paste0(i, ".HMP.ordered.png"), width=7, height=30)

ggsave 行不起作用，因為它將 i 作為 seurat object。 因此我的問題是：如何讓 ggsave() 使用存儲在“i”中的我的 seurat object 的名稱？

我嘗試了 substitute(i) 和 deparse(substitute(i)) 沒有成功。

Answer 1

簡短的回答：你不能。

長答案：使用substitute或類似來嘗試獲取i的名字會給你... i 。 （這與function arguments不同，其中substitute(arg)為您提供調用的參數表達式。）

您需要改用命名向量。 理想情況下，您應該將 Seurat 對象放在一個列表中。 但是要即時創建這樣的列表，您可以使用get ：

names = c('seuratobject1', 'seuratobject2', 'seuratobject3')

for(i in names) {
    cluster.averages <- data.frame(AverageExpression(get(i), features = genelist))
    # … rest is identical …
}

也就是說，我通常強烈反對使用get並將本地環境視為數據結構。 列表和向量被設計用於這種情況。