Snakemake 多個配置文件？

Question

關於 snakemake 和使用多個配置文件的快速問題。

我正在為基因組預處理創建一個相當大的管道，其想法是它是用戶友好的，並且在用戶能力方面占最低公分母。

因此，不允許用戶在主配置文件中定義某些工具使用的線程。 我想實現snakemake的“workflow.cores * percent”功能，即； 我可以為每個工具指定總內核的百分比（在命令行中使用 --cores # 定義）。

這使事情變得簡單，並且不會將用戶與主配置文件中的所有選項混淆。 但我仍然希望允許用戶根據需要微調線程數。 這個想法是我有一個沒有線程號的主配置文件，還有一個帶有線程號的第二個配置文件。

如果用戶決定他們想使用自己決定的線程數，他們將簡單地（在主配置中）提供一個肯定的鍵，類似於：manualThreadChoice: "yes"

並且在 Snakefile 中有一個簡單的 if 語句，如果手動線程選擇是肯定的，則相應地為相應的規則提供線程數，否則只使用自動定義的線程百分比。

現在可以定義多個配置文件。

見評論：

“感謝您報告此問題。這是因為 snakemake 更新了他們的 API 現在支持多個配置文件。根據他們的日志，配置文件已更改為配置文件。請參閱：snakemake/snakemake@23624ee#diff-88e96378bf2405c8a8f8ac971519039e。”

所以不要調用我們的配置文件

configfile: "path/to/config.yaml"

我們可以用：

configfiles:

我的問題是，我們是否提供兩個單獨的路徑作為文件列表的一部分：即

configfiles: ["path/to/config1.yaml", "path/to/config2.yaml"]

然后我們如何從不同的配置中訪問密鑰。 由於使用單個配置文件，我們將使用：

config['key']

我嘗試使用索引訪問不同的配置文件：

config[0]['key']

但這不起作用。

我正在使用 Snakemake 5.7.0，我相信它是具有這種多個配置文件功能的版本。

Answer 1

您可以在Snakefile的頂部指定多個config文件，如下所示：

configfile: "path/to/config1.yaml"
configfile: "path/to/config2.yaml"

然后 Snakemake 將所有配置文件合並到 1 個配置字典中，該字典可通過全局變量config訪問