如何 label 在 PCA Plot 中的單個數據點

Question

我使用 R 中的 prcomp 創建了一個 PCA plot 使用：

> input <- read_excel("input.xlsx")                                                          
> data<-input[,!names(input) %in% "gene"]
> data1<-t(as.matrix(data[-1])) %*% as.matrix(data[-1]) / ncol(data)
> res.pca <- prcomp(data1, scale = TRUE)
> par(cex=0.5)
> plot(res.pca$x[,1],res.pca$x[,2], xlab="PC1", ylab = "PC2", main = "PC1 / PC2 - plot") 

input.xlsx文件如下所示：

gene    Sample1 Sample2     Sample3
A   13.932431   5.366284    6.93992
B   21.111017   0.662061    1.563687
C   26.471751   0.932416    1.673144
D   27.597507   36.591138   28.371248
E   35.324703   0           1.462438

我想將 label 添加到代表此 PCA Sample1中 Sample1 的數據點，並將其塗成紅色。 謝謝你的幫助。

Answer 1

下面是一個使用 R 自帶的iris數據集的例子：

iris <- iris[, -5]   # Delete column with species
iris.pca <- prcomp(iris)
plot(iris.pca$x[, 1], iris.pca$x[, 2], xlab="PC1", ylab = "PC2", main = "PC1 / PC2 - plot")
text(iris.pca$x[1, 1], iris.pca$x[1, 2], "First Row", pos=4)

這假設要標記的行包含在 pca 中。