Python 3中加載一個.RDS文件

Question

我有一個 RDS 格式的數據集，我在 RStudio 管理，但我想在 Python 打開它進行分析。 能不能把這種格式打開成Python？

我已經嘗試了以下代碼：

pip install pyreadr

import pyreadr

result = pyreadr.read_r('/path/to/file.Rds') 

但是，我得到一個

MemoryError：無法為形狀為 (2483385,) 且數據類型為 float64 的數組分配 18.9 MiB。

我能做什么？

Answer 1

Pyreadr 是 C 庫 librdata 的包裝器，而 librdata 對 R 向量可以具有的大小有硬編碼限制。 舊版本的限制曾經很低，但現在增加了。 您的矢量在舊版本中會失敗，但在最近的版本中應該可以工作，所以請檢查您使用的是不是最新版本。

如果這沒有幫助，那么它可能是一個錯誤。 如果您可以共享該文件，請在 github 中提交問題。

這里有一個鏈接到 github librdata 和 pyreadr 中的舊問題（理論上現在已經解決）

https://github.com/WizardMac/librdata/issues/19 。 https://github.com/ofajardo/pyreadr/issues/3

編輯：

該限制現已在 pyreadr 0.3.0 中永久刪除。 現在這不再是問題了。

Answer 2

據我所知，您可以將數據存儲到此鏈接中提到的 pandas dataframe。

第二個選項（鏈接）

如何在 Python 中顯式釋放 memory？

如果您編寫了一個 Python 程序，該程序作用於一個大型輸入文件以創建幾百萬個表示的對象，並且它占用了大量的 memory 並且您需要最好的方法來告訴 Python 您不再需要某些數據，並且可以釋放它？ 這個問題的簡單答案是：

使用 gc.collect() 強制垃圾收集器釋放未引用的 memory。

我希望這能回答你的問題