R 中的 Python - 錯誤：找不到 /usr/bin/python 的 Python 環境

Question

我不明白 R 如何處理 Python 環境和 Python 版本並不斷收到錯誤Error: could not find a Python environment for /usr/bin/python 。 我在shell安裝了Miniconda並創建了conda環境：

conda activate r-reticulate

然后，在 R 中，我嘗試安裝 keras（與 package tensorflow 相同的問題）：

library(keras)
reticulate::use_condaenv()
install_keras(method = "conda", conda = reticulate::conda_binary())

...並收到以下錯誤：

Error: could not find a Python environment for /usr/bin/python

我試圖弄清楚 Python R 應該使用什么

reticulate::py_config()

並得到

python:         /usr/bin/python
libpython:      /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/config/libpython2.7.dylib
pythonhome:     /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7:/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7
version:        2.7.16 (default, Jul  5 2020, 02:24:03)  [GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 11.0.3 (clang-1103.0.29.21) (-macos10.15-objc-
numpy:          /Users/bestocke/Library/Python/2.7/lib/python/site-packages/numpy
numpy_version:  1.16.6
tensorflow:     [NOT FOUND]

python versions found: 
 /usr/bin/python3
 /usr/local/bin/python3
 /usr/bin/python

我不明白這一點。 這似乎是在使用 Python 2.7。 當試圖找出 shell 中使用的是哪個 Python 時，我得到：

> which python
/opt/miniconda3/envs/r-reticulate/bin/python

和

> ls -l /opt/miniconda3/envs/r-reticulate/bin/python
lrwxr-xr-x  1 username  wheel  9 Aug  2 15:21 /opt/miniconda3/envs/r-reticulate/bin/python -> python3.6

建議使用Python 3.6。

我在這里弄錯了什么？

Answer 1

嘗試按照https://tensorflow.rstudio.com/installation/上的指南進行操作：

在您的 R-studio 控制台中：

1. install.packages("tensorflow")

2. library(tensorflow)

3. install_tensorflow()

如果您還沒有手動安裝 Anaconda / Miniconda，那么在第 1 步。 3、一個提示會詢問你是否允許安裝Miniconda。 如果你已經安裝了conda ，那么：

1. 在 conda 中創建新環境r-reticulate ： conda create -n r-reticulate
2. 使用參數從 R-studio 控制台安裝 tensorflow： install_tensorflow(method = 'conda', envname = 'r-reticulate')
3. 加載網狀package library(reticulate)
4. 在 R-studio 中激活 conda 環境use_condaenv('r-reticulate')
5. 加載tensorflow libray library(tensorflow)
6. 檢查 tensorflow 是否活躍tf$constant("Hellow Tensorflow")

參考：

• https://tensorflow.rstudio.com/installation/
• https://rstudio.github.io/reticulate/

Answer 2

我使用virtualenv安裝，我發現我必須通過envname指定 env 的完整路徑。 它不適method="virtualenv", envname="r-reticulate"

Answer 3

希望有時間補充資料。 我嘗試按照 Anugerah Erlaut 所說的進行操作，但嘗試通過 WSL 在 R-studio Server 上安裝 Keras GPU。

我知道該解決方案會起作用，因為我在另一台計算機上嘗試過，但安裝在 Windows 和 Keras CPU 上。 經過一段時間的測試（並感到沮喪），似乎 Rstudio 沒有更改 r-reticulate env 的權限。

因此，我嘗試了在 bash 命令行上運行或“純 R”的解決方案，它工作得很好！