[英]DICOM to Nifti metadata not transfering
我正在嘗試獲取一些 DICOM 堆棧並將它們轉換為 Nifti 文件。 當我進行轉換並在 3D 查看器中打開新的 Nifti 文件時,體積在 z 方向上被粉碎在一起。 Nifti 文件不知道切片之間的間距是多少。 據我了解imageio.volread()
不讀取元數據。 我嘗試使用pydicom.filereader.dcmread()
但它只讀取一個文件。 轉換格式時如何將元數據從 DICOM 堆棧復制到 Nifti 文件?
import nibabel as nib
import imageio
import numpy as np
import os, sys
DIR = '\\all scans\\'
savefold = '\\nifti\\'
for root, dirs, files in os.walk(DIR):
for directory in dirs:
vol = imageio.volread(DIR + directory).astype(int)
vol = np.transpose(vol, (2,1,0)).astype(int)
niftisave = nib.Nifti1Image(vol, affine=np.eye(4))
nib.save(niftisave, os.path.join(savefold + directory) + '.nii')
更新:
我正在使用Nifti1Header
並設置我的體素間距,但是當我在其他程序中保存和打開文件時,體素間距仍然是 1x1x1。 當我在保存 pixdim 之前打印 header 時顯示[1. 0.09 0.09 0.09 1. 1. 1. 1. ]
[1. 0.09 0.09 0.09 1. 1. 1. 1. ]
.
header = nib.Nifti1Header()
OM = np.eye(4)
header.set_data_shape((224,352,224))
voxel_spacing = ((.09,.09,.09))
header.set_zooms(voxel_spacing)
header.set_sform(OM)
header.set_dim_info(slice = 2)
vol=imageio.volread(source)
ROI_save = nib.Nifti1Image(vol, OM, header=header)
print(ROI_save.header)
HEADER:
<class 'nibabel.nifti1.Nifti1Header'> object, endian='<'
sizeof_hdr : 348
data_type : b''
db_name : b''
extents : 0
session_error : 0
regular : b''
dim_info : 48
dim : [ 3 224 352 224 1 1 1 1]
intent_p1 : 0.0
intent_p2 : 0.0
intent_p3 : 0.0
intent_code : none
datatype : float32
bitpix : 32
slice_start : 0
pixdim : [1. 0.09 0.09 0.09 1. 1. 1. 1. ]
vox_offset : 0.0
scl_slope : nan
scl_inter : nan
slice_end : 0
slice_code : unknown
xyzt_units : 0
cal_max : 0.0
cal_min : 0.0
slice_duration : 0.0
toffset : 0.0
glmax : 0
glmin : 0
descrip : b''
aux_file : b''
qform_code : unknown
sform_code : aligned
quatern_b : 0.0
quatern_c : 0.0
quatern_d : 0.0
qoffset_x : 0.0
qoffset_y : 0.0
qoffset_z : 0.0
srow_x : [1. 0. 0. 0.]
srow_y : [0. 1. 0. 0.]
srow_z : [0. 0. 1. 0.]
intent_name : b''
magic : b'n+1'
仿射:
np.eye(4)
--->[[1. 0. 0. 0.]
[0. 1. 0. 0.]
[0. 0. 1. 0.]
[0. 0. 0. 1.]]
所需仿射:
[[-0.09 0. 0. -0. ]
[ 0. -0.09 0. -0. ]
[ 0. 0. 0.09 0. ]
[ 0. 0. 0. 1. ]]
您需要直接指定像素間距和陣列形狀,假設您有 512x512x128 3D 體積,0.5 x 0.5 x 2.5 mm 體素間距和單位方向矩陣,請參見下面的示例:
from nibabel import Nifti1Header, Nifti1Image
img_array = np.zeros((512, 512, 128))
voxel_spacing = [0.5, 0.5, 2.5, 1]
OM = np.eye(4)
OM = OM * np.diag(voxel_spacing)
header = Nifti1Header()
header.set_data_shape((512, 512, 128))
header.set_dim_info(slice=2)
header.set_xyzt_units('mm')
nifti = Nifti1Image(img_array, OM, header=header)
更新。 使用nibabel.save
(或img.to_filename
)保存文件並在 MRIcron https://people.cas.sc.edu/rorden/mricron/index.html中打開它,得到以下結果:
如果您使用 SimpleITK 讀取 Dicom 系列,它將正確讀取 Dicom 元數據。
以下是如何讀取 Dicom 圖像系列的示例:
https://simpleitk.readthedocs.io/en/master/link_DicomSeriesReader_docs.html
如果 output 文件名具有“.nii”后綴,它將將該卷寫為 Nifti 文件。
聲明:本站的技術帖子網頁,遵循CC BY-SA 4.0協議,如果您需要轉載,請注明本站網址或者原文地址。任何問題請咨詢:yoyou2525@163.com.