錯誤：package 或 dyn.load（文件，DLLpath = DLLpath，...）中的“gmm”的命名空間加載失敗：無法加載共享 object

Question

我已經上傳了R的版本到4.0.2（2020-06-22）。 在我需要安裝 gmm package 后，我收到了以下消息。 我還為其他軟件包（如 TropFishR）獲取了此消息。 我有 Xcode 10.3。 我重新安裝了 R studio 和 R 幾次。 非常感謝您的寶貴時間。

錯誤信息：

Error: package or namespace load failed for ‘gmm’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/gmm/libs/gmm.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/gmm/libs/gmm.so, 6): Library not loaded: /usr/local/gfortran/lib/libgomp.1.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/gmm/libs/gmm.so
  Reason: image not found


session info:

 version 4.0.2 (2020-06-22)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Mojave 10.14.6

Matrix products: default
BLAS:   /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils    
[5] datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] sandwich_2.5-1

loaded via a namespace (and not attached):
[1] zoo_1.8-8       compiler_4.0.2 
[3] tools_4.0.2     grid_4.0.2     
[5] lattice_0.20-41

Answer 1

該問題是由於Library not loaded: /usr/local/gfortran/lib/libgomp.1.dylib丟失。

為了解決這個問題，我去了這個Github 發布頁面，下載gfortran-10.2-Catalina.dmg並安裝了它。 然后我終於可以在R中加載gmm package。

Answer 2

在 MacOS 13 上，下載此文件，並在/opt/R/arm64/gfortran/lib中構建到/usr/local/gfortran/lib/libgomp.1.dylib的硬鏈接，例如，使用以下命令：

sudo ln libgomp.1.dylib /opt/R/arm64/gfortran/lib/libgomp.1.dylib 

也許目錄/gfortran/lib需要手動構建。 希望有幫助~

Answer 3

使用這個答案，我找到了一種（臨時）方法來解決這個問題，而不會弄亂安裝。

查找文件

該程序似乎找不到libgomp.1.dylib ，但是，您的系統可能已經安裝了此文件。 使用

locate libgomp.1.dylib

你會得到一個找到這個圖書館的地方的列表。 如果您是第一次運行此命令，您可能必須先運行另一個命令來創建索引。

對我來說，這是

/usr/local/Cellar/gcc/12.1.0/lib/gcc/current/libgomp.1.dylib

但是，在您的系統上可能會有所不同。

如果沒有返回，您可能需要在系統上安裝gfortran ，例如使用brew install gcc 。

鏈接文件

我的錯誤消息向我顯示了它試圖查找文件的一些地方，其中一個在我的用戶目錄中：

/Users/overground/lib

因此，使用ln創建從該目錄到您在上一步中找到的文件的鏈接。 首先，確保lib文件夾存在於您的用戶目錄中。 然后，將文件與

ln /usr/local/Cellar/gcc/12.1.0/lib/gcc/current/libgomp.1.dylib /Users/overground/lib

將第一個文件路徑替換為您在第一步中找到的文件路徑，以及第二個路徑中的用戶名。 現在，您應該能夠在lib目錄中看到該文件。

我希望這有幫助！

Answer 4

這聽起來很瘋狂，但我在運行我編寫的 bash 腳本（比如 masterPipeline.sh）時遇到了同樣的問題。 當我編寫該腳本時它工作正常，但是幾天前我收到此錯誤：

Error: package or namespace load failed for ‘stats’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/home/hemiptero/lib/R/library/stats/libs/stats.so':

問題是在 masterPipeline.sh 調用 R 來創建子例程 (R <./scripts/measure2sd.r --no-save) 之后出現的，但是當我自己在終端中鍵入該命令時，我沒有收到錯誤。

所以，我不知道如何，但我想到了以超級用戶身份運行我的腳本。

sudo masterPipeline.sh   

有用！

所以也許以超級用戶身份運行 R 對那些在 linux 上工作的人有用