R 相關性 plot 使用 ggcorrplot2：“x 軸”標簽被裁剪

Question

我正在使用ggcorrplot2 （ github 頁）來生成我的相關圖，因為我需要將顯着性水平疊加為***在上面。

這個 package 依賴於ggplot2 ，所以我認為更改軸 label 字體大小、星號顏色、漸變 colors 等不同功能很容易。但事實證明它比我想象的要復雜。

我目前手頭的問題是“x 軸”標簽被裁剪出繪圖區域...正如您在下面看到的，這實際上不是x-axis ，而是放置在對角線單元格頂部的標簽。 因此，很難改變它們。

看看這個 MWE。 我首先這樣做：

data(mtcars)
#change "wt" to a very long name
names(mtcars)[6] <- "a very long name"

corrtest <- psych::corr.test(mtcars[,1:7], adjust="none")
all_matrix <- corrtest$r
all_pmat <- corrtest$p

###

P <- ggcorrplot2::ggcorrplot(all_matrix, type = "lower", method = "circle", p.mat = all_pmat, show.diag = FALSE,
                             insig = "label_sig", sig.lvl = c(0.05, 0.01, 0.001), pch = "*", pch.cex = 6) +
     ggplot2::theme(axis.text.y=ggplot2::element_text(size=15),
                    legend.text=ggplot2::element_text(size=15))
grDevices::pdf(file="heat_all2.pdf", height=6, width=6)
print(
  P
)
grDevices::dev.off()

產生這個：

如您所見，我能夠修改ggplot2主題的y-axis標簽，但不能修改“x 軸”標簽或其他任何內容......

所以我想我可以使用ggplot_build並在實際打印之前調整 plot，我做了以下操作：

P <- ggcorrplot2::ggcorrplot(all_matrix, type = "lower", method = "circle", p.mat = all_pmat, show.diag = FALSE,
                             insig = "label_sig", sig.lvl = c(0.05, 0.01, 0.001), pch = "*", pch.cex = 6) +
     ggplot2::theme(axis.text.y=ggplot2::element_text(size=15),
                    legend.text=ggplot2::element_text(size=15))
P2 <- ggplot2::ggplot_build(P)
P2$data[[4]]$size <- 5
P2$data[[4]]$hjust <- 0
P2$data[[3]]$angle <- 15
P2$data[[3]]$colour <- "grey30"
grDevices::pdf.options(reset = TRUE, onefile = FALSE)
grDevices::pdf(file="heat_all2.pdf", height=6, width=6)
print(
  graphics::plot(ggplot2::ggplot_gtable(P2))
)
grDevices::dev.off()

產生這個：

非常接近，但還沒有完全實現。 我不斷遇到的問題如下：

• “x 軸”標簽被裁剪
• plot 頂部和底部奇怪的灰色區域
• 我想更改顏色漸變，使深藍色和深紅色不會那么暗

我試圖通過將plot.margin=grid::unit(c(0,3,0,0),"cm")添加到theme來解決這個問題，但結果是這樣的（仍然裁剪了 label 並且頂部和頂部有更多灰色空間情節的底部）：

有什么幫助嗎？ 謝謝！

Answer 1

在最初的 function中，作者在scale_x_continuous()中設置了expand = c(0, 0) ) 。 你只需要修改那個部分就可以得到你想要的

library(tidyverse)
library(ggcorrplot2)

data(mtcars)
# change "wt" to a very long name
names(mtcars)[6] <- "a very long name"

corrtest <- psych::corr.test(mtcars[, 1:7], adjust = "none")
all_matrix <- corrtest$r
all_pmat <- corrtest$p

###
P <- ggcorrplot2::ggcorrplot(all_matrix,
  type = "lower", method = "circle", p.mat = all_pmat, show.diag = FALSE,
  insig = "label_sig", sig.lvl = c(0.05, 0.01, 0.001), pch = "*", pch.cex = 6) +
  ggplot2::theme(axis.text.y = ggplot2::element_text(size = 15),
    legend.text = ggplot2::element_text(size = 15))

P +
  scale_x_continuous(expand = expansion(mult = c(0, 0.25)))
#> Scale for 'x' is already present. Adding another scale for 'x', which will
#> replace the existing scale.

^{由reprex package (v0.3.0) 創建於 2020-09-01}