如何更改 Seurat Dimplot 的默認配色方案？

Question

尊敬的全球專家，

您好，我正在使用 Seurat 分析集成的單細胞 RNA-seq 數據。 我確認了 Dimplot 的默認配色方案，如下所述。

show_col(hue_pal()(16))

但我想更改 Dimplot 的當前默認顏色。 所以，我通過下面的評論嘗試了它。 它成功地改變了 Dimplot 中的顏色，但這種改變的調色板不適用於下游分析（例如 DoHeatmap 中的聚類標簽條..）。

DimPlot(object = Integrateddata, reduction = 'umap',
  group.by = 'seurat_clusters', pt.size = 1, label=FALSE,
  cols = c('0'='#F68282','4'='#31C53F','8'='#1FA195','6'='#B95FBB','3'='#D4D915',
    '7'='#28CECA','1'='#ff9a36','2'='#2FF18B','10'='#aeadb3','11'='#faf4cf',
    '5'='#CCB1F1','9'='#25aff5','12'='#A4DFF2','15'='#4B4BF7','13'='#AC8F14',
    '14'='#E6C122'))

有什么方法可以改變 Dimplot 的默認配色方案並將其應用於所有下游分析嗎？

謝謝！

Answer 1

問題似乎是DimPlot(cols=)依賴於命名的顏色字符向量中的名稱，而DoHeatmap(group.colors=)依賴於它們的順序。 所以你只需要按名字來排序，並且配色方案應該是一致的：

my_seurat <- subset(initial_object, idents = 1:16)

levels(Idents(my_seurat))

my_cols <- c('3'='#F68282','15'='#31C53F','5'='#1FA195','1'='#B95FBB','13'='#D4D915',
  '14'='#28CECA','9'='#ff9a36','8'='#2FF18B','11'='#aeadb3','6'='#faf4cf',
  '2'='#CCB1F1','12'='#25aff5','7'='#A4DFF2','4'='#4B4BF7','16'='#AC8F14',
  '10'='#E6C122')

my_cols2 <- my_cols[order(as.integer(names(my_cols)))]
scales::show_col(my_cols2)


DimPlot(my_seurat,
        cols = my_cols2, label=TRUE , repel=TRUE)
DoHeatmap(my_seurat,
          features = c("gene1", "gene2"),
          group.colors = my_cols2)