Python Netgraph Matplotlib 刷新圖

Question

我正在對一個網絡進行可視化，該網絡包括帶有通過流數據更新的邊緣標簽的可移動節點。 目前，我在繪圖時使用 randint 更新熊貓數據框。

當前代碼可以生成節點並允許它們移動並更新邊緣標簽，但感覺“笨拙”，並且每隔一段時間繪圖會閃爍軸（我不想看到）。 我似乎無法在 netgraph 中找到一個好的鈎子來簡單地刷新圖形而不進行清除和重繪，隨着網絡的增長，這將不可避免地變得更糟。 有誰知道我怎樣才能讓它更順暢？

這是當前的代碼：

import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
#plt.ion()
import networkx as nx
import random as r
import netgraph
import numpy as np

#Graph creation:
G=nx.Graph(type="")

#edges automatically create nodes
df=pd.read_csv('diyNodeSet.csv')  
G = nx.from_pandas_edgelist(df, source='sdr', target='rxr', \
    create_using=nx.DiGraph)

#Create edge list from dataframe
df['xy']=list(zip(df.sdr,df.rxr))
ed=list(zip(df.br,df.pct))
el=dict(zip(df.xy,ed))

pos = nx.layout.circular_layout(G)  ##initial node placement

# drag nodes around #########
plot_instance =   netgraph.InteractiveGraph(G,  node_positions=pos, node_color='red', edge_labels=el)

#update the edge labels with random data
import threading
interval = 3

def updatePlot(oldPlot):
    nodePos=oldPlot.node_positions
    new_pct=pd.Series([r.randint(1, 100),r.randint(1, 100),r.randint(1, 100),r.randint(1, 100)], name='pct', index=[0,1,2,3])
    df.update(new_pct)
    ed=list(zip(df.br,df.pct))
    el=dict(zip(df.xy,ed))
    oldPlot.fig.clear()
    global plot_instance
    plot_instance =   netgraph.InteractiveGraph(G,  node_positions=nodePos, node_color='red', edge_labels=el)

#call update each interval    
def startTimer():
    threading.Timer(interval, startTimer).start()
    updatePlot(plot_instance)
   
startTimer()

這是所需外觀的片段：

Answer 1

這是 Netgraph ( here ) 的作者的回復，它避免了重繪繪圖並刪除了出現的刻度：

def updatePlot(plot_instance):
    new_labels = ... # get your label dict
    plot_instance.draw_edge_labels(plot_instance.edge_list, new_labels, 
    plot_instance.node_positions)
    plot_instance.fig.canvas.draw_idle()

這會添加新的邊標簽並更新現有的邊標簽。 如果要刪除邊緣標簽，則必須明確刪除它們。 藝術家存儲在將邊緣映射到藝術家的字典中。

for edge in edge_labels_to_remove:
    plot_instance.edge_label_artists[edge].remove() # delete artist
    del plot_instance.edge_label_artists[edge] # delete reference