Python代碼在文本文件中查找兩個字符串之間的長度的問題

Question

你好，我對 python 很陌生，開始為生物學家上課，但我在 python 中的作業有問題，只是想不通。 從 .txt 文件中，我應該找到 2 個限制酶（基本上只是字母），“gatc”前面有 g 或 a，后面有 c 或 t，所以：“[ga]gatc[ct]”。 這是文本文件中的 2 次，我應該找出它們之間的長度（xxxx[ga]gatc[ct] xxxxxxx [ga]gatc[ct]xxxx）-->它們之間有多少 x。 我試着把它分組，但我做錯了。 xxxx 是未知數量的字母，由 "g" "a" "t" "c" 組成：例如 ctactatctcatcttaaccttaa

我目前的代碼是：

import regex
file = "enzyme.txt"
f=open(file, "r")
content = f.read()
print(content)
pattern = regex.compile("[ga]gatc[ct]")
for line in open("enzyme.txt"):
   for match in regex.finditer (pattern, line):
        print(match.group())
        print(line)
for lines in f:
    m=regex.search("[ga]gatc[ct] {*} [ga]gatc[ct]", lines)
    if m:
        print(len(str(m.start(1)) + str(m.end(2))))

它向我顯示了正確的序列並打印了它所在的行，但我不知道如何找到它們之間的長度。 代碼的第二部分沒有做任何事情，但也沒有顯示錯誤消息。

Answer 1

在我看來，這將是一個天真的解決方案。

pattern = "[ga]gatc[ct]"

with open("enzyme.txt") as file:
    for line in file:
        parsed = line.split(pattern)[1]
        print(len(parsed))

1. str.split將根據給定的模式將線分成幾部分
2. 在你的情況下，模式將是[ga]gatc[ct]
3. 現在您需要訪問xxxxxxxx的索引1 ，因為索引0將是'' 。 一個空字符串。
4. 現在你想要模式之間的文本長度，所以， print(len(parsed))