如何從 irr 輸出生成 r-markdown 的匯總表（flextable）？

Question

我使用 irr 包運行了 3 種不同的 Kappa2 分析。

library(irr)

data("diagnoses", package = "irr")

# Analysis 1
kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater2")], weight = "unweighted")

# Analysis 2
kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater3")], weight = "unweighted")

# Analysis 3
kappa2(diagnoses[, c("rater3", "rater2")], weight = "unweighted")

有沒有一種好方法可以為 r markdown 生成輸出摘要作為演示表（如果可能的話，靈活的）？ 我正在尋找一個表：分析 1、分析 2 和分析 3 作為行。 主題、評分者、Kappa、z 和 p 值作為列。

Answer 1

這樣的事情對你的情況有用嗎？

我們將所有分析收集在一個列表中，並使用lapply從中提取相關值。

library(irr)

analysis1 <- kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater2")], weight = "unweighted")
analysis2 <- kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater3")], weight = "unweighted")
analysis3 <- kappa2(diagnoses[, c("rater3", "rater2")], weight = "unweighted")
list_model <- dplyr::lst(analysis1, analysis2, analysis3)

purrr::map_df(list_model, function(x) {
            data.frame(Subjects = x$subjects, 
                       Raters = x$raters, 
                       kappa = x$value, 
                       p_value = x$p.value)
}) -> result

flextable::flextable(cbind(model = names(list_model), result))