向 Networkx 中的圖形節點添加（浮動）坐標 - IndexError

Question

我有一個 of.txt 形式的數據集，我想將 plot 作為圖表。 這個txt提供的數據如下：

68  57
65  86
67  83
105 156

等等，所以它是一個邊緣列表。

import networkx as nx
import numpy as py
import copy
import matplotlib.pyplot as plt

network0=nx.read_edgelist(r'C:\Users\alexl\Documents\new_python\init_edgelist.txt',create_using=nx.DiGraph)

nx.draw(network0)
plt.show()

在這些之后，我可以看到一個繪制的有向圖，正如我所想的那樣，它的拓撲錯誤。 節點和邊正確連接，但沒有位置信息。 我嘗試在此 another.txt 中導入 3 列（節點 xy），例如：

2   478909.145  4204244.629

有了這個：

coordinates=py.loadtxt(r'C:\Users\alexl\Documents\new_python\nodes_coordinates.txt')
pos=coordinates
nx.draw(network0,pos=pos,with_labels=True)
plt.show()

但似乎沒有工作。 IndexError: only integers, slices ( : ), ellipsis ( ... ), numpy.newaxis ( None ) and integer or boolean arrays are valid indices. <<< 這就是我嘗試運行它時在控制台中顯示的內容。 我想這與坐標是浮動的事實有關？ 或者由 txt 他們組成一個列表，我們想要一本字典？ 之后我想向邊緣添加權重（0,1,2），但首先我想看到我的數據在拓撲方面“正確”繪制。

Answer 1

當鍵是節點而值是位置時， nx.draw期望pos是一個字典。

假設您想將輸入讀取為 numpy 數組，您可以做的是

pos = dict(zip(coordinates[:,0].astype(int), coordinates[:,1:]))
nx.draw(network0, pos=pos, with_labels=True)

否則，您可以只遍歷文件的行並直接構建字典。

pos = {}
with open('coords.txt') as f:
    for line in f:
        node, x, y = line.split()
        pos[node] = float(x), float(y)