為 gtsummary 設置值默認主題和粗體變量 package

Question

我有一個關於為 gtsummary package 設置默認主題的問題。

library(tidyverse)
library(gtsummary)
library(gapminder)

gap <- gapminder %>% 
  dplyr::mutate_all(~ifelse(
    sample(c(TRUE, FALSE), size = length(.), replace = TRUE, prob = c(0.8, 0.2)),
    as.character(.), 
    NA)
  ) %>% 
  dplyr::mutate_at(vars(year:gdpPercap), ~as.numeric(.)
  ) %>% 
  dplyr::mutate(gdpPercap = ifelse(gdpPercap > median(gdpPercap, na.rm = TRUE), "high", "low"))

my_theme <-   
  list(
    "tbl_summary-str:default_con_type" = "continuous2",
    "tbl_summary-str:continuous_stat" = c("{median} ({p25} - {p75})",
                                          "{mean} ({sd})", 
                                          "{min} - {max}"),
    "tbl_summary-str:categorical_stat" = "{n} / {N} ({p}%)",
    "style_number-arg:big.mark" = "",
    "add_p.tbl_summary-attr:test.categorical" = "",
    "tbl_summary-fn:percent_fun" = function(x) style_percent(x, digits = 3),
    "add_p.tbl_summary-attr:test.categorical" = "chisq.test"
  )

gap %>% 
  gtsummary::tbl_summary(
    by = continent
  ) 

我想知道如何設置默認主題以添加 p 值或例如將標簽設為粗體。 我嘗試了上面的代碼，但它沒有用。 我知道我可以添加add_p()但我想知道我是否可以在主題中這樣做，這樣我就不必在想要添加 p 值時鍵入add_p 。 謝謝您的幫助。

Answer 1

更新：從 gtsummary v1.4.0 開始，您可以在使用主題的每個tbl_summary() ) 之后設置add_p()和bold_labels()等函數。

library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.4.0'

# theme to always run add_p() and bold_labels() after tbl_summary()
list(
  "tbl_summary-fn:addnl-fn-to-run" = 
    function(x) {
      if (!is.null(x$by)) x <- add_p(x) # add_p if there is a by variable
      bold_labels(x) # bold labels and return table
    }
  ) %>%
  set_gtsummary_theme()

tbl <-
  trial %>%
  select(age, grade, trt) %>%
  tbl_summary(by = trt)

^{由reprex package (v2.0.0) 創建於 2021-04-14}

舊帖子：無法在使用主題的tbl_summary() () 之后直接自動運行add_p()和bold_labels() 。 我認為您最好的選擇可能是定義一個運行附加功能的新 function。

tbl_summary_p <- function(...) {
  tbl_summary(...) %>%
    add_p() %>%
    bold_labels()
}

gap %>% tbl_summary_p(by = continent)

但是，您可以利用主題來加粗標簽。 主題允許您使用主題元素as_gt-lst:addl_cmds包含任何格式化命令。 如果將下面的主題元素添加到主題列表中，gt 表會將 label 行加粗。

# bold labels for gt output
  "as_gt-lst:addl_cmds" = 
    list(tab_spanner = expr(gt::tab_style(style = gt::cell_text(weight = "bold"), 
                                          locations = gt::cells_body(columns = gt::vars(label), 
                                                                     rows = row_type == "label"))))