Snakemake：使用拆分命令時出錯？

Question

在我的 Snakemake 規則的 shell 部分中使用 Unix split命令時出現錯誤：

rule split:
    input:
            "test_file.txt"
    output:
            directory("split_test_file")
    shell:
            '''
            mkdir {output}
            split -1 3 {input} split_
            mv split_* {output}
            '''

這是錯誤：

Error in rule split:
jobid: 0
output: split_test_file
shell:
    
    mkdir split_test_file
    split -1 3 test_file.txt split_
    mv split_* split_test_file
    
    (one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)

我認為錯誤發生在mv split_* split_test_file行中，因為當我只運行前兩行時沒有錯誤。 我似乎找不到為什么我不能將拆分test_file.txt產生的所有文件移動到 output 目錄中？ 太感謝了！

Answer 1

1. split命令中有一個錯字，其中-1需要是字母-l 。
2. 您的mv命令會導致錯誤mv: cannot move 'split_test_file' to a subdirectory of itself, 'split_test_file/split_test_file' 。 要移動的文件和目標目錄都以相同的字符串split_ ，這會導致此錯誤。 修改其中任何一個都可以解決此問題。