這個錯誤代碼在 RStudio 中是什么意思

Question

我正在嘗試在 RStudio 中運行 dada2。 通常我會在 Windows 中運行它。 但是，因為我也想運行 cutadapt，所以我不得不創建一個 Linux VM。 在一些幫助下，我現在在我的 VM 上安裝了 dada2 和 cutadapt。 我已經復制了我的 R 代碼，該代碼在 Windows 中的 RStudio 中工作。 我在我的虛擬機上編輯了代碼，使它指向正確的目錄，例如用“~/Rtemp”替換“c:\Rtemp”。 我相信我已經正確地做到了這一點，因為 RStudio 讀取了dada2，然后我的文件就像我在 Windows 中的 RStudio 中啟動腳本時一樣。 但是，當我在 windows 中運行 RStudio 中的腳本時，我會收到錯誤消息。

fnFs <- sort(list.files(path, pattern="_R1_001.fastq", full.names = TRUE))
fnRs <- sort(list.files(path, pattern="_R2_001.fastq", full.names = TRUE))

sample.names <- sapply(strsplit(basename(fnFs), "_"), `[`, 1)
plotQualityProfile(fnFs[1:2])
Error in (function (cond)  : 
  error in evaluating the argument 'dirPath' in selecting a method for function 'qa': IncompatibleTypes
  message: error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'which': error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'alphabetFrequency': invalid class “BStringSet” object: undefined class for slot "elementMetadata" ("DataTable_OR_NULL")

沒有“安裝”錯誤，所以我認為問題不是缺少安裝。 此錯誤消息是否表明我的 VM 上的 memory 數量存在問題？

Answer 1

我最近在學習dada2教程時遇到了這個問題。

我通過在加載dada2之前加載庫（Biostrings）來修復它。 我的印象是dada2會自動加載Biostrings，但這就是修復。 希望它對你有用。