如何將我的 Python 腳本傳遞到 Slurm sbatch？

Question

我已經編寫了 python 腳本，我打算將其傳遞到我大學的 Slurm sbatch 系統進行計算。 我寫了一個簡短的 shell 腳本，它應該只是將 python 腳本輸入到 sbatch 系統中，但我收到一個錯誤消息：

python：無法打開文件“retrieve.py”：[Errno 2] 沒有這樣的文件或目錄

即使在線閱讀了很多有關該系統的信息，我也不知道該怎么做。 python 腳本和 shell 腳本位於同一個文件夾中，我的 shell 腳本現在只是說以下內容：

#!/bin/bash

python retrieve.py

一旦我知道它有效，我打算將更多必要的信息添加到腳本文件中，所以我現在只是希望能得到一些幫助來解決這個問題。 謝謝！

Answer 1

我猜你沒有在錯誤的目錄中。 如果沒有其他選項，Slurm 作業將使用您提交作業的目錄作為工作目錄。 因此，如果您從另一個文件夾提交可能會出現問題。

要開始調試，您可以將ls放入您的作業腳本（在 python 調用之前）或執行echo $PWD以確保您位於正確的目錄中。

或者甚至使用sacct -j <JOBID> -o workdir獲取工作的工作目錄（如果路徑太長並被切斷，則添加 -p）。