如何根據邊緣屬性為 R 中的 igraph plot 中的邊緣分配顏色范圍？

Question

我有一個大型社交網絡 plot，我正在嘗試使用個人之間的聯系強度進行顏色編碼。 在mock_table中，個體列在a和b列中，每個連接的強度在c列中給出。

我成功地將這些強度值正確分配給edge.width function，但是，當我嘗試將其應用於edge.color時，這些值沒有正確對齊。 plot 中的 colors 確實代表sn_color ，但它們沒有分配給正確的邊緣。 最厚的邊緣（最強的連接，最大c值）也應該有最深的顏色，反之亦然。

以下是我當前代碼的簡化版本：

mock_table <- as.data.frame(cbind(a=c("PO", "BL", "MA", "AL", "BL"), b=c("MA", "BO", "ED", "MA", "MA"), c=as.numeric(c(8,41,10,23,50))))
mock_table$c <- as.numeric(as.character(mock_table$c))

sn_graph <- graph_from_data_frame(d=mock_table, vertices = c("PO", "BL", "MA", "AL", "BO", "ED"), directed = FALSE)
sn_proximity <- (mock_table$"c")

sn_colorrange <- colorRampPalette(c("yellow", "orange", "red", "darkred"))
sn_color <- sn_colorrange(length(sn_proximity))

plot(sn_graph,
     edge.width=(1/3)*(sn_proximity),
     edge.color=sn_color
     )

誰能幫我弄清楚如何正確分配這個調色板？ 非常感謝！

編輯以包含可重現的示例代碼。

Answer 1

您需要准確告訴 plot 使用哪種顏色。 如果您想為每個漸變使用不同的顏色，那么您可以執行類似的操作

plot(sn_graph,
     edge.width=(1/3)*(sn_proximity),
     edge.color=sn_color[order(sn_proximity)]
)

否則可能更常見的是設置固定數量的 bin 然后使用cut()使顏色更有意義

n_bins <- 5
sn_color <- sn_colorrange(n_bins)
plot(sn_graph,
     edge.width=(1/3)*(sn_proximity),
     edge.color=sn_color[cut(sn_proximity, breaks=n_bins )]
)