如何修復 scale_color_manual？ 這不再正常工作

Question

我目前在 ggplot2 中與 scale_color_manual 作斗爭，盡管這從來都不是問題。 我不斷收到錯誤消息：“錯誤：手動比例中的值不足。需要 9，但只提供了 0。” 但是，我清楚地提供了足夠的 colors，所以它似乎沒有注冊。 有誰知道發生了什么/我該如何解決這個問題？

我的 ggplot2 package 版本是：3.3.3。 Phyloseq 版本是 1.30.0

library(phyloseq)
library(ggplot2)

data("GlobalPatterns")
GP <- prune_species(speciesSums(GlobalPatterns) > 0, GlobalPatterns)

#this usually works to assign colors below
cohortcol<- c("#70AD47","orange", "blue", "green","red",
  "yellow","purple","black","grey")

a<-plot_richness(GP, x="SampleType", color="SampleType",
  measures=c("Chao1", "Shannon")) +
  scale_color_manual(values=alpha(cohortcol, 0.7)) +
  theme(axis.title.x=element_blank(), 
    axis.text.x=element_blank(),
    legend.position="none", axis.title.y = element_blank())
print(a)

然后它不打印 a 並給我我的錯誤消息。 如果我要刪除群組，我會收到相同的消息，而只是將 colors 添加為向量。

GP 是 phyloseq object。

重新啟動 R 曾經可以解決問題，但是，即使這樣現在也停止了工作。

謝謝你的幫助！

Answer 1

您需要為ggplot2 cohortcol哪種顏色與數據中的哪些值匹配

如果您這樣做，您的代碼應該可以正常工作

cohortcol<- c("#70AD47","orange", "blue", "green","red",
  "yellow","purple","black","grey")
names(cohortcol) <- c("Feces", "Freshwater", "Freshwater (creek)",
   "Mock", "Ocean", "Sediment (estuary)", "Skin", "Soil", "Tongue")

這是完整的工作代碼。 我沒有太多使用 phyloseq，但在您的代碼中存在多個關於已棄用 function 的警告，請注意這一點。

library(phyloseq)
library(ggplot2)

data("GlobalPatterns")
GP <- prune_species(speciesSums(GlobalPatterns) > 0, GlobalPatterns)
#> Warning: 'prune_species' is deprecated.
#> Use 'prune_taxa' instead.
#> See help("Deprecated") and help("phyloseq-deprecated").
#> Warning: 'speciesSums' is deprecated.
#> Use 'taxa_sums' instead.
#> See help("Deprecated") and help("phyloseq-deprecated").

#this usually works to assign colors below
cohortcol<- c("#70AD47","orange", "blue", "green","red",
  "yellow","purple","black","grey")
names(cohortcol) <- c("Feces", "Freshwater", "Freshwater (creek)",
  "Mock", "Ocean", "Sediment (estuary)", "Skin", "Soil", "Tongue")

plot_richness(GP, x="SampleType", color="SampleType",
  measures=c("Chao1", "Shannon")) +
  scale_color_manual(values=alpha(cohortcol, 0.7)) +
  theme(axis.title.x=element_blank(), 
    axis.text.x=element_blank(),
    legend.position="none", axis.title.y = element_blank())

^{由代表 package (v2.0.0) 於 2021 年 5 月 1 日創建}