python3 - 如何生成名稱為輸入文件名修改的 output 文件？

Question

您好，我正在使用包含以下代碼的 python 腳本：

from Bio import SeqIO
 
# set input file, output file to write to 

gbk_file = "bin.10.gbk"
tsv_file = "results.bin_10.tsv"
cluster_out = open(tsv_file, "w")


# Extract CLuster info. write to file 

for seq_record in SeqIO.parse(gbk_file, "genbank"):
    for seq_feat in seq_record.features:
        if seq_feat.type == "protocluster":
            cluster_number = seq_feat.qualifiers["protocluster_number"][0].replace(" ","_").replace(":","")
            cluster_type = seq_feat.qualifiers["product"][0]
            cluster_out.write("#"+cluster_number+"\tCluster Type:"+cluster_type+"\n")

問題是我想將此腳本自動化到某個目錄中的多個文件，這樣我希望gbk_file存儲所有以 .gbk 為后綴的文件，並且tsv_file根據每個輸入文件生成一個相應的 output 文件.

因此，如果輸入文件的名稱為“bin.10.gbk”，則 output 將為“results.bin_10.tsv”。

我嘗試使用 glob python function 但不知道如何創建一個tsv_file變量來存儲來自輸入文件名的修改字符串：

  import glob
    # setting variables
    gbk_files = glob.glob("*.gbk")
    tsv_files = gbk_files.replace(".gbk",".results.tsv")
    cluster_out = open(tsv_files, "w")

進行更改時，我收到以下錯誤：

AttributeError: 'list' object 沒有屬性 'replace'

那么我該如何處理呢？

謝謝閱讀：）

Answer 1

希望下面的function可以幫助到你。

def processfiles():
    for file in glob.glob("*.gbk"):
        names = file.split('.')
        tsv_file = f'results.{names[-3]}_{names[-2]}.tsv'
        with open(tsv_file, 'w') as tsv:
            tsv.write('write your content here')
            tsv.close