簡體   English   中英

如何給 Snakemake 文件明確輸入和 output?

[英]How to give explicitly input and output to Snakemake file?

所以我有一個用 shell 編寫的管道,它循環遍歷三個文件夾,然后是一個內部循環,循環遍歷文件夾內的文件。

對於下一步,我有一個 snakemake 文件,它帶有一個輸入文件夾和 output 文件夾。 為了試運行,我在 snakemake 文件中給出了文件夾路徑。 所以我想知道有什么方法可以明確提供輸入和 output 文件夾路徑。

例如snakemake --cores 30 -s trial.snakemake /path/to/input /path/to/output

因為我想根據主循環更改輸入和 output。

我嘗試在 snakemake 文件中import sys並使用sys.argv[1]sys.argv[2]但它不起作用。

下面是我的管道的片段,現在需要三個文件夾,ABC_Samples、DEF_Samples、XYZ_Samples

for folder in /path/to/*_Samples
do
  folderName=$(basename $folder _Samples)
  mkdir -p /path/to/output/$fodlerName
  for files in $folder/*.gz
  do
    /
     do something
    /
  done
  snakemake --cores 30 -s trial.snakemake /path/to/output/$fodlerName /path/to/output2/
done

但以上不起作用。 那么有什么辦法可以做到這一點。 我真的是 snakemake 的新手。

先感謝您。

一種有效的方法是將文件夾結構顯式合並到 Snakefile 中。 例如,您可以在 Snakefile 中使用參數的內容,例如example_path ,然后通過config傳遞它:

snakemake --config example_path_in=/path/to/input example_path_out=/path/to/output

暫無
暫無

聲明:本站的技術帖子網頁,遵循CC BY-SA 4.0協議,如果您需要轉載,請注明本站網址或者原文地址。任何問題請咨詢:yoyou2525@163.com.

 
粵ICP備18138465號  © 2020-2024 STACKOOM.COM