[英]How to give explicitly input and output to Snakemake file?
所以我有一個用 shell 編寫的管道,它循環遍歷三個文件夾,然后是一個內部循環,循環遍歷文件夾內的文件。
對於下一步,我有一個 snakemake 文件,它帶有一個輸入文件夾和 output 文件夾。 為了試運行,我在 snakemake 文件中給出了文件夾路徑。 所以我想知道有什么方法可以明確提供輸入和 output 文件夾路徑。
例如snakemake --cores 30 -s trial.snakemake /path/to/input /path/to/output
因為我想根據主循環更改輸入和 output。
我嘗試在 snakemake 文件中import sys
並使用sys.argv[1]
和sys.argv[2]
但它不起作用。
下面是我的管道的片段,現在需要三個文件夾,ABC_Samples、DEF_Samples、XYZ_Samples
for folder in /path/to/*_Samples
do
folderName=$(basename $folder _Samples)
mkdir -p /path/to/output/$fodlerName
for files in $folder/*.gz
do
/
do something
/
done
snakemake --cores 30 -s trial.snakemake /path/to/output/$fodlerName /path/to/output2/
done
但以上不起作用。 那么有什么辦法可以做到這一點。 我真的是 snakemake 的新手。
先感謝您。
一種有效的方法是將文件夾結構顯式合並到 Snakefile 中。 例如,您可以在 Snakefile 中使用參數的內容,例如example_path
,然后通過config
傳遞它:
snakemake --config example_path_in=/path/to/input example_path_out=/path/to/output
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