循環遍歷目錄一層，並在該目錄中以 bash 中的目錄名稱作為參數執行腳本

Question

我有一個批處理腳本，我想用它在特定級別的所有目錄上運行。 它調用一個腳本（ recon1.sh ），該腳本將目錄名稱作為參數並將結果文件夾存儲在每個子目錄中。 我想要的是，當從命令行（ bash batch_recon1.sh 路徑_X ）指定路徑名稱時，它cd進入每個蛋白質文件夾（蛋白質_A，蛋白質_B，...。蛋白質_Z）並執行 recon1.sh 並對所有蛋白質執行此操作路徑文件夾。 目前，它在一種蛋白質（蛋白質_A）沒有為蛋白質_B和其他蛋白質開始之后結束。 我怎樣才能解決這個問題？ 我嘗試使用更簡單的腳本，該腳本僅在子文件夾上循環一層，並將該目錄中的 file_names 寫入文本文件，效果很好，但由於某種原因，此代碼（batch_recon1.sh for recon1.sh）不起作用. 有人可以幫忙嗎？

文件夾結構：

[軟件文件夾]

${HOME}/ProjName/software/batch_recon1.sh

${HOME}/ProjName/software/recon1.sh

[項目文件夾]

${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_A/

${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_A/protein_A_id
${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_A/protein_A_searchRes
${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_A/protein_A_alignment

${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_B/

${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_B/protein_B_id
${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_B/protein_B_searchRes
${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_B/protein_B_alignment

recon1.sh 將 protein_name 作為 arg（例如 recon1.sh protein_A）

所以 ${dirname} 應該是（即）“protein_A”而不是蛋白質文件夾的完整路徑。

用作（從命令行） bash batch_recon1.sh Pathway_X

batch_recon1.sh的代碼：

    #!/bin/bash
    # -*- coding: utf-8 -*-
        
    set -e
    current_path=$(pwd)
    
    pathway_name=$1
    path_to_folder=${HOME}/ProjName/pathways/${pathway_name}
    path_to_software_folder=${HOME}/ProjName/software

    cd ${path_to_folder}
    echo '----running batch_reconcile1.sh on pathway:'$@
        
        


    for fol in "${path_to_folder}"/*/; do
      [ -d "${fol}" ] || continue ## if not a directory skip
      dirname="$(basename "${fol}")"
      (cd "${fol}" && bash ${path_to_software_folder}/recon1.sh ${dirname} )
      cd ..
    done

Answer 1

該腳本可能會提前退出，因為recon1.sh失敗，並且您set -e （如果命令失敗則退出）。

它可能由於cd..不應該存在而失敗。

繼續嘗試所有蛋白質上的recon1.sh可能會更好，即使其中一個失敗（這取決於您）。

代替

(cd "${fol}" && bash ${path_to_software_folder}/recon1.sh ${dirname} )
cd ..

和：

cd "${fol}" || continue
bash ${path_to_software_folder}/recon1.sh "${dirname}" || echo "recon1.sh failed for ${dirname}" >&2

工作目錄設置正確。 如果recon1.sh由於任何原因仍然失敗，則會打印錯誤，但腳本不會退出，並嘗試下一個蛋白質。