無法在 Databricks R Notebook 上使用某些包

Question

我通過之前的stackoverflow問題以及使用其他網站嘗試了很多解決我的問題，但我失敗了。 因此，我的問題如下：

我正在嘗試安裝ggmap package：

install.packages("ggmap", lib="/databricks/spark/R/lib")

但我收到此錯誤：

rjcommon.h:11:10: fatal error:jpeglib.h: No such file or directory

也許有用的信息：

x64 Windows 10

R version 4.1.1 (2021-08-10)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 20.04.3 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.9.0
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.9.0

[1]"/local_disk0/.ephemeral_nfs/envs/rEnv-adfa3b9f-34f8-4494-af74-4cf4c85bece3"
[2] "/databricks/spark/R/lib"                                                   
[3] "/local_disk0/.ephemeral_nfs/cluster_libraries/r"                           
[4] "/usr/local/lib/R/site-library"                                             
[5] "/usr/lib/R/site-library"                                                   
[6] "/usr/lib/R/library" 

我還嘗試安裝GADMTools package：

install.packages("GADMTools", lib="/databricks/spark/R/lib")

錯誤如下：

Configuration failed because libudunits2.so was not found and
configure: error: gdal-config not found or not executable

ggmap package 我嘗試通過終端安裝它：

PS C:\Users\olthpor\scoop\buckets\main>sudo apt-get install libjpeg-dev

結果是：

Start-process: This command cannot be run due to the error: The system cannot find the file 
specified.
At C:\Users\olthpor\Documents\Scripts\sudo.ps1:1 char:103
+...ngth -gt 1){start-process arg[0]-ArgumentList args[1...args.Lengt...
+ CategoryInfo         : InvalidOperation:(:)[Start-process], InvalidOperationException
+ FullyQualifiedErrorId: InvalidOperationException, 
Microsoft.PowerShell.Commands.StartProcessCommand

我與在 Windows 上使用 Linux 命令無關。

Answer 1

問題是沒有安裝編譯 R 包所需的某些系統包。 比如，用於ggmap libjpeg-dev等。

您可以解決以下問題：

• 在社區版上，或者如果您使用的是單節點集群，那么這樣做就足夠了（您需要找到您的庫需要哪些 Ubuntu 包）：

%sh
apt-get update
apt-get -y install libjpeg-dev

• 如果您使用多節點集群，那么您需要使用集群初始化腳本，該腳本將在集群的所有節點上安裝依賴項（因為庫也需要在每個節點上編譯）。 腳本內容與上面的命令類似，只需要添加所謂的shebang即可：

#!/bin/bash

apt-get update
apt-get -y install libjpeg-dev

按照文檔中的說明安裝此腳本，然后重新啟動集群。