在 M1 mac 上安裝 R package “nloptr”時出現問題

Question

我正在嘗試在 R 和 RStudio 中安裝“lme4”庫，這在我使用 M1 Mac 之前就可以使用，但現在它沒有安裝。 有問題的依賴是：“nloptr”。 這是我當前的錯誤：

clang++ -arch arm64 -std=gnu++11 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/opt/R/arm64/lib -o nloptr.so init_nloptr.o nloptr.o test-C-API.o test-runner.o -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRlapack -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRblas -L/opt/R/arm64/gfortran/lib/gcc/aarch64-apple-darwin20.2.0/11.0.0 -L/opt/R/arm64/gfortran/lib -lgfortran -lemutls_w -lm -Lnlopt/lib -lnlopt -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
ld: warning: directory not found for option '-Lnlopt/lib'
ld: library not found for -lnlopt
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [nloptr.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘nloptr’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/nloptr’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘nloptr’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/ht/y6qd6yfn67x086jtwxvh42tw0000gn/T/RtmpULtpZq/downloaded_packages’ ```

我正在使用 Monterey (12.1) 的 M1 Mac。 我已經安裝了 R 的 arm64 版本。 這是我當前的版本 R 4.1.2：

> version
               _                           
platform       aarch64-apple-darwin20      
arch           aarch64                     
os             darwin20                    
system         aarch64, darwin20           
status                                     
major          4                           
minor          1.2                         
year           2021                        
month          11                          
day            01                          
svn rev        81115                       
language       R                           
version.string R version 4.1.2 (2021-11-01)
nickname       Bird Hippie    

我已經在終端中嘗試過以下操作： brew install nlopt和brew install gcc 。

在此之前，我也遇到如下錯誤： ld: warning: directory not found for option '-L/opt/R/arm64/gfortran/lib/gcc/aarch64-apple-darwin20.2.0/11.0.0'修復那，基於谷歌搜索，我做了這個export PATH=$PATH:/opt/R/arm64/gfortran/bin和這個ln -sfn `xcrun --show-sdk-path` /opt/R/arm64/gfortran/SDK

Answer 1

不幸的是brew install cmake沒有幫助我，也沒有從源代碼安裝nloptr ，也沒有配置 RStudio 使用正確的PATH 。

According to the documentation , in the section labeled Installing CMake (macOS and Linux only) , the nloptr package installer expects to find the cmake executable either at:

1. CMAKE_BIN環境變量指定的路徑（劇透警告：設置它不起作用），或
2. /Applications/CMake.app/Contents/bin/cmake 。

這是我最終在zsh shell 中解決問題的方法：

brew install cmake
sudo mkdir -p /Applications/cmake.app/Contents/bin
cd /Applications/cmake.app/Contents/bin
sudo ln -s /opt/homebrew/bin/cmake

這種方法的缺點是它在/Applications目錄中放置了一個非應用程序，但我可以接受。

Answer 2

在我的機器（運行 Big Sur 的 M1 Mac）上，我剛剛嘗試了install.packages("nloptr") ，而沒有先執行brew install nlopt 。

我收到關於-Lnlopt/lib的相同警告：

ld: warning: directory not found for option '-Lnlopt/lib'
ld: library not found for -lnlopt
clang-13: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [nloptr.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘nloptr’

但在警告之前我看到：

checking if pkg-config knows NLopt... no
using NLopt via local cmake build on arm64

------------------ CMAKE NOT FOUND --------------------

CMake was not found on the PATH. Please install CMake:

 - yum install cmake          (Fedora/CentOS; inside a terminal)
 - apt install cmake          (Debian/Ubuntu; inside a terminal).
 - pacman -S cmake            (Arch Linux; inside a terminal).
 - brew install cmake         (MacOS; inside a terminal with Homebrew)
 - port install cmake         (MacOS; inside a terminal with MacPorts)

Alternatively install CMake from: <https://cmake.org/>

-------------------------------------------------------

install.packages("nloptr")在我用brew install cmake安裝 CMake 后成功。

至於您最初使用gfortran的問題，我可能會建議您在此處嘗試我的說明。 R 建議安裝特定版本的gfortran並配置編譯器以通過~/.R/Makevars找到該安裝。 你真的不需要弄亂你的PATH ......