如何將列表中的每個元素與其他元素進行比較，並將結果輸出為 R 中的成對比較矩陣？

Question

我正在嘗試為最近的植被研究中調查的每一對可能的地點自動計算 Jaccard 的相似性指數。

下面是我的數據格式的虛擬列表，其中 x、y 和 z 是離散的調查站點，function jaccard() 。

x <- c("sp1","sp2","sp3")
y <- c("sp2","sp3","sp4")
z <- c("sp3","sp4","sp5")
dummy_list <- list(x,y,z)

jaccard <- function(a, b) {
intersection = length(intersect(a, b))
union = length(a) + length(b) - intersection
return (intersection/union) }

我想將每個成對比較 (xy, xz, yz) 傳遞給jaccard()和 output 計算的 Jaccard 指數矩陣。 我怎樣才能做到這一點？

Answer 1

我們可以先將您的Vectorize jaccard向量化，然后使用outer ：

x <- c("sp1","sp2","sp3")
y <- c("sp2","sp3","sp4")
z <- c("sp3","sp4","sp5")

dummy_list <- setNames(list(x, y, z), c("x","y","z"))

jaccard <- function(a, b) {
  intersection = length(intersect(a, b))
  union = length(a) + length(b) - intersection
  return (intersection/union)
}

vjaccard <- Vectorize(jaccard)

outer(dummy_list, dummy_list, FUN = "vjaccard")
#>     x   y   z
#> x 1.0 0.5 0.2
#> y 0.5 1.0 0.5
#> z 0.2 0.5 1.0

^{由reprex package (v2.0.1) 創建於 2022-03-02}

Answer 2

jaccard <- function(List) {
  ln <- combn(List, 2,function(x){
    n <- length(intersect(x[[1]], x[[2]]))
    m <- length(unlist(x))
    n/(m-n)})
  structure(ln, Size = length(ln), Diag = FALSE, class = 'dist')
}

jaccard(dummy_list)
    1   2
2 0.5    
3 0.2 0.5

Answer 3

我們可以使用以下基本 R 方法（不使用jaccard function 但遵循相同的定義）

> dummy_list <- list(x = x, y = y, z = z)

> 1 / (outer(lengths(dummy_list), lengths(dummy_list), `+`) / crossprod(table(stack(dummy_list))) - 1)
    x   y   z
x 1.0 0.5 0.2
y 0.5 1.0 0.5
z 0.2 0.5 1.0