為 geom_text 圖層添加圖例以解釋標簽

Question

考慮以下示例，其中進行了散射，並且僅對“重要”點進行了着色和標記。

genes <- read.table("https://gist.githubusercontent.com/stephenturner/806e31fce55a8b7175af/raw/1a507c4c3f9f1baaa3a69187223ff3d3050628d4/results.txt", header = TRUE)
genes$Significant <- ifelse(genes$padj < 0.05, "FDR < 0.05", "Not Sig")
ggplot(genes, aes(x = log2FoldChange, y = -log10(pvalue))) +
  geom_point(aes(color = Significant)) +
  scale_color_manual(values = c("red", "grey")) +
  theme_bw(base_size = 12) + theme(legend.position = "bottom") +
  geom_text_repel(
    data = subset(genes, padj < 0.05),
    aes(label = Gene),
    size = 5,
    box.padding = unit(0.35, "lines"),
    point.padding = unit(0.3, "lines")
  )

它產生以下 plot

現在想象標簽實際上是首字母縮略詞，並且它們有一個真正的全長名稱（例如，“DOK6”是“Duo Ocarino Kayne 6”的首字母縮寫詞）。 是否可以在 plot 中添加圖例，其中鍵是 plot 上使用的標簽，條目是標簽的全長名稱？

Answer 1

首先，我為另一個僅顯示重要Gene的圖例添加了Gene2 。\

接下來， Gene2作為fill添加到aes上。 （只有color會影響geom_point上點的顏色）。\

最后，為第二個圖例添加了scale_fill_discrete 。 您需要做的只是在Full names here處注釋全長名稱列。

genes$Gene2 <-ifelse(genes$padj<0.05, genes$Gene, NA)
ggplot(genes, aes(x = log2FoldChange, y = -log10(pvalue),
                  fill=Gene2)) +
  geom_point(aes(color = Significant)) +
  scale_color_manual(values = c("red", "grey")) +
  theme_bw(base_size = 12) + theme(legend.position = "bottom") +
  geom_text_repel(
    data = subset(genes, padj < 0.05),
    aes(label = Gene),
    size = 5,
    box.padding = unit(0.35, "lines"),
    point.padding = unit(0.3, "lines")
  ) +
  scale_fill_discrete(labels=paste0(genes$Gene,': ',' Full names here'),
                      name='Significant genes') +
  theme(legend.position = 'right')

Output