根據注釋ggplot2的條件創建間隔

Question

我有一個名為ranks的向量，其值從 -6 到 6，我想根據值區間（例如 (2, Inf) [2, 1.25) 等包含該區間中的值數）創建值數區間，加上前一個間隔中的那些。 換句話說，對於值的區間 (2, Inf) 我想獲得這個區間中的值加上前一個區間中的值的數量。

為此，我使用了一種非常原始的方法：

   xmin <- c(0, sum(ranks>2),
            sum(ranks>2) + sum(ranks>1.25),
            sum(ranks>2) + sum(ranks>1.25) + sum(ranks>0.75),
            sum(ranks>2) + sum(ranks>1.25) + sum(ranks>0.5) + sum(ranks>0.25)) 
   xmax <- c(c(sum(ranks>2),
            sum(ranks>2) + sum(ranks>1.25),
            sum(ranks>2) + sum(ranks>1.25) + sum(ranks>0.75),
            sum(ranks>2) + sum(ranks>1.25) + sum(ranks>0.5) + sum(ranks>0.25))-1,
            length(ranks))

其中 xmin 是每個間隔的開始，xmax 是每個間隔的結束。 但我相信有一種更好的直接方法可以做到這一點。

總的來說，我想找到在這個間隔中分開的值：+Inf、2、1、0.5、0、-0.5、-1、-2、-Inf

PS：我將使用這些來注釋 ggplot2 中的 x 軸，如下所示（參見從紅色到藍色的色標，這些是具有特定 x 和 y 分隔符的矩形）

Answer 1

嘗試這個：

c(1, 1, 2, 3, 2, 1, 4, 2, 5, 6, 2, 5, 3) %>% 
  cut(c(0, 2, 4, 6)) %>% 
  table() %>%
  cumsum()

(0,2] (2,4] (4,6] 
    7    10    13 

UPD：剛剛注意到 - 你正在反向安排你的間隔。 我認為最簡單的方法是將表格轉換為數字並在rev之前將其cumsum

Answer 2

我可能仍然誤解了，但最后只是計算每個區間有多少個基因，對嗎？

基本上你是在重新發明一個堆疊條。

library(ggplot2)

# random data
set.seed(1)
rank <- sample(-6:6, 11000, replace = T)
# vector of your cuts
my_cuts <- c(-Inf, -2, -1, -0.5, 0, 0.5, 1, 2, Inf)
## make a data frame and cut the ranks
genes <-  data.frame(rank)
genes$cuts <- cut(genes$rank, my_cuts)

## just use geom_bar
ggplot(genes) +
  geom_bar(aes(y = 1, fill = cuts)) +
  ## now you can simply use one of the scale functions
  scale_fill_brewer(palette =  "Reds")

^{由reprex 包於 2022-05-31 創建 (v2.0.1)}