Snakemake 中擴展輸入的缺少輸入文件錯誤

Question

我遇到了一個無法修復的奇怪錯誤。 我在Ubuntu 20.04機器上的conda環境中使用snakemake 7.8.2（也嘗試在我們的集群上運行它並且發生了同樣的錯誤）。 出於某種奇怪的原因，我的一個具有通配符的規則不能用作以下規則的擴展輸入，並且在前面的規則中非常清楚地創建輸入文件時不斷給我一個錯誤，即輸入文件丟失。

這是我的兩條規則：

### Use R to generate figures of each run's sequencing summary

rule rejected_seq_figures:
  input:
    seq_summary = "resources/{RUNS}/guppy_outputs/sequencing_summary.txt",
    rejected_ids = "resources/{RUNS}/raw_reads/unblocked_read_ids.txt"
  output:
    rejected_pie = report("results/rejected/seq_summary/{RUNS}_pie_chart.pdf", caption="report/rejected_pie.rst", category="Rejected Reads Sequence Summary", subcategory="{RUNS}"),
    histo_read_len = report("results/rejected/seq_summary/{RUNS}_histogram.pdf", caption="report/histo_read_len.rst", category="Rejected Reads Sequence Summary", subcategory="{RUNS}"),
    barcode_boxplot = report("results/rejected/seq_summary/{RUNS}_boxplot.pdf", caption="report/barcode_boxplot.rst", category="Rejected Reads Sequence Summary", subcategory="{RUNS}")
  script:
    "scripts/rejected_seq_summary_figures.R"

### Use R to create a summary table of all runs sequencing summaries

rule rejected_seq_table:
  input:
    sum_file_list = "results/rejected/sum_file_list.tsv",
    ids_file_list = "results/rejected/ids_file_list.tsv",
    rejected_pie = expand("results/rejected/seq_summary/{run}_pie_chart.pdf", run=RUNS)
  output:
    report("results/rejected/seq_summary/rejected_seq_summary_table.tsv", caption="report/rejected_seq_summary_table.rst", category="Rejected Reads Sequence Summary", subcategory="All Runs")
  script:
    "scripts/rejected_seq_summary_table.R"

在嘗試構建 DAG 時，snakemake 會產生錯誤：

MissingInputException in line 39 of /home/639893/Adaptive_Sequencing_Analysis_Workflow/workflow/rules/rejected_seq_summary.smk:
Missing input files for rule rejected_seq_table:
    output: results/rejected/seq_summary/rejected_seq_summary_table.tsv
    affected files:
        results/rejected/seq_summary/ONT_skin1_adap2_pie_chart.pdf
        results/rejected/seq_summary/ONT_skin1_adap_pie_chart.pdf

這些正是規則的預期輸出，因此通配符有效，也沒有任何拼寫錯誤或路徑錯誤。 R 腳本已經過測試，snakemake 輸入和輸出運行良好，但是當我將規則添加到我的工作流程時，它會不斷產生此錯誤。

我已經嘗試過：將圖形規則的所有三個輸出作為擴展輸入，更改以下規則的輸入順序，將擴展輸入全部放入規則而不是以下規則（我只是想得到這個規則運行），創建一個臨時的和觸摸的文本文件而不是 pdf，使路徑更短和更長，將蛇形版本更改為 7 個不同的版本，第一條規則只有一個輸出，並從輸出中刪除報告代碼。 所有這些都導致了相同的錯誤，我的工作流程的其余部分運行良好。

此外，我還有另一條規則，我執行相同的操作（使用通配符作為下一個規則的輸入的前一個規則的擴展輸出）並且效果很好。 規則之間的唯一區別是導致錯誤的規則（上圖）使用 R 腳本，而工作規則僅使用 shell 命令。

我非常感謝任何幫助，因為我需要能夠創建這樣的數字並將它們添加到蛇形報告中。 先感謝您。

Answer 1

問題原來是我在規則“RUNS”中用於通配符的約束。

導致此問題的約束是：

wildcard_constraints:
  RUNS="^[^\/]+$"

字符串開頭和結尾的字符“^”和“$”分別不能用於通配符約束。

正確的格式是：

wildcard_constraints:
  RUNS="[^\/]+"

感謝 Snakemake 團隊的快速響應和所有幫助！