R - 將矩陣的每一行轉換為字符向量並保存為命名列表

Question

我有一個包含生物通路（行）和相應基因（列）的矩陣。 如果基因存在於通路中，則細胞包含 1，否則為 0。請參見下面的示例：

mat=matrix(c(0,0,1,0,1,1,1,1,1), nrow = 3, ncol = 3)

row.names(mat) = c("pathwayX", "pathwayY", "pathwayZ")

colnames(mat) = c("Gene1", "Gene2", "Gene3")

	基因1	基因2	基因3
途徑X	0	0	1
途徑Y	0	1	1
途徑Z	1	1	1

我需要的是每個具有構成基因的途徑的特征向量，保存在一個列表中（例如，名為gene_sets）。 在這個例子中，這將是：

> gene_sets
$pathwayX
"Gene3"

$pathwayY
"Gene2" "Gene3"

$pathwayZ
"Gene1" "Gene2" "Gene3"

此外，我需要描述路徑名稱的字符向量，保存在列表中（例如命名描述）。 在這個例子中，這將是：

> description
$pathwayX
"pathwayX"

$pathwayY
"pathwayY"

$pathwayZ
"pathwayZ" 

背景：帶有成本輸入的包 pathfindR 需要向量列表（ https://github.com/egeulgen/pathfindR/wiki/Analysis-Using-Custom-Gene-Sets ）。

Answer 1

干得好，給我們一個可重現的例子。 您可以使用apply系列函數，其中lapply為您提供一個列表作為輸出， sapply將嘗試簡化結果，並且apply讓您決定是否要使用margin參數將函數應用於data.frame的行或列. （如果與lapply或sapply一起使用，則默認為列）。

mat <- as.data.frame(mat)
gene_sets <- apply(mat, 1, function(x) colnames(mat)[x==1])
description <- lapply(row.names(mat), function(x) x)
names(description) <- row.names(mat)
> gene_sets
$pathwayX
[1] "Gene3"

$pathwayY
[1] "Gene2" "Gene3"

$pathwayZ
[1] "Gene1" "Gene2" "Gene3"

> description
$pathwayX
[1] "pathwayX"

$pathwayY
[1] "pathwayY"

$pathwayZ
[1] "pathwayZ"

不確定我是否遵循您關於description列表的邏輯，但這似乎給出了您預期的結果。

Answer 2

是否也可以將列表反轉為二進制矩陣？

堅持最初的例子，從

gene_sets = list(pathwayX= c("gene3"),pathwayY= c("gene2", "gene3"),pathwayz= c("gene1", "gene2","gene3"))

> gene_sets
$pathwayX
"Gene3"

$pathwayY
"Gene2" "Gene3"

$pathwayZ
"Gene1" "Gene2" "Gene3"

到二進制矩陣

	基因1	基因2	基因3
途徑X	0	0	1
途徑Y	0	1	1
途徑Z	1	1	1