[英]pytest-cov showing no coverage
我有一個名為 CorGE 的 python 庫,其結構如下
我正在嘗試使用 pytest-cov 生成覆蓋率報告。 我見過的每個示例/文檔都是這樣的
pytest CorGE/tests/ --cov CorGE/
或這個
python -m coverage run --source=CorGE/src/CorGE -m pytest CorGE/tests/
但這會產生 NoCoverageWarning
CoverageWarning: No data was collected. (no-data-collected)
和這樣的報告
Name Stmts Miss Cover
-------------------------------------------
src/CorGE/__init__.py 0 0 100%
src/CorGE/collect.py 127 127 0%
-------------------------------------------
TOTAL 127 127 0%
我只是誤解了如何使用這個覆蓋工具嗎? 我花了一整天的時間嘗試這些命令的不同變體,但似乎沒有任何效果。 希望了解更多有關此的人的任何見解。
這是測試文件,以防萬一出現問題,比如沒有正確調用 src 文件或其他什么。
import os
import shutil
import tempfile
import unittest
from CorGE.command import main
class CommandTests(unittest.TestCase):
def setUp(self):
self.temp_dir = tempfile.mkdtemp()
# collect_genomes input
self.data_dir = os.path.join('/'.join(__file__.split('/')[:-1]), "test-data")
self.ncbi_species_fp = os.path.join(self.data_dir, "TEST_TXIDS")
self.ncbi_accessions_fp = os.path.join(self.data_dir, "TEST_ACCS")
self.local_db_fp = os.path.join(self.data_dir, "TEST_LOCAL/")
# collect_genomes outputs
self.nucl_fp = os.path.join(self.temp_dir, "nucleotide/")
self.prot_fp = os.path.join(self.temp_dir, "protein/")
self.outgroup_fp = os.path.join(self.temp_dir, "outgroup/")
def tearDown(self):
shutil.rmtree(self.temp_dir)
def test_collect_genomes(self):
main([
"collect_genomes",
self.temp_dir,
"--ncbi_species", self.ncbi_species_fp,
"--ncbi_accessions", self.ncbi_accessions_fp,
"--local", self.local_db_fp,
# --outgroup left as default "2173"
])
self.assertEqual(os.listdir(self.outgroup_fp).sort(), ['GCF_000016525.1.faa', 'GCF_000016525.1.fna'].sort())
self.assertEqual(os.listdir(self.nucl_fp).sort(), ['GCF_000012885.1.fna', 'GCF_000007725.1.fna', 'GCF_000020965.1.fna',\
'GCF_001735525.1.fna', 'GCF_007197645.1.fna', 'GCF_001375595.1.fna', 'GCF_000218545.1.fna', 'GCF_000010525.1\n.fna',\
'GCF_000378225.1.fna', 'GCF_900111765.1.fna', 'GCF_023159115.1.fna'].sort())
self.assertEqual(os.listdir(self.prot_fp).sort(), ['GCF_000012885.1.faa', 'GCF_000007725.1.faa', 'GCF_000020965.1.faa',\
'GCF_001735525.1.faa', 'GCF_007197645.1.faa', 'GCF_001375595.1.faa', 'GCF_000218545.1.faa', 'GCF_000010525.1\n.faa',\
'GCF_000378225.1.faa', 'GCF_900111765.1.faa', 'GCF_023159115.1.faa'].sort())
if __name__ == "__main__":
unittest.main()
好的,我想出了如何完成這項工作,但我對我的解決方案完全不滿意。 我所做的更改是在開發模式下安裝CorGE
,而不是通常使用pip install -e .
然后一切都開始工作了。
我現在正在運行pytest --cov .
從根CorGE
目錄並獲取:
---------- coverage: platform linux, python 3.10.2-final-0 -----------
Name Stmts Miss Cover
-------------------------------------------
setup.py 2 2 0%
src/CorGE/__init__.py 0 0 100%
src/CorGE/collect.py 127 19 85%
src/CorGE/command.py 43 5 88%
src/CorGE/extract.py 193 167 13%
src/__init__.py 0 0 100%
tests/__init__.py 0 0 100%
tests/test_command.py 35 1 97%
-------------------------------------------
TOTAL 400 194 52%
為什么會這樣,我不知道。 為什么沒有這個它不起作用,我不知道更多。 希望這可以幫助其他人在未來對此感到沮喪。
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