密度均質秤 plot

Question

我正在從密度（內核）function 的點模式（PPP）制作一系列圖。 我希望在所有情況下的最大繪制數都是 200，並且只是相應的熱圖（其中兩個圖像只有 go 最多 100）。 我無法使用 R 基礎 plot 找到解決此問題的方法。

    Microglia_Density <- density(Microglia_PPP, sigma =0.1, equal.ribbon = TRUE, col = topo.colors, main = "")
plot(Microglia_Density, main = "Microglia density")

Astrocytes_Density <- density(Astrocytes_PPP, sigma =0.1, equal.ribbon = TRUE, col = topo.colors, main = "")
plot(Astrocytes_Density, main = "Astrocytes density")

Neurons_Density <- density(Neurons_PPP, sigma =0.1, equal.ribbon = TRUE, col = topo.colors, main = "")
plot(Neurons_Density, main = "Neuronal density")

我會很感激建議。 問候

Answer 1

由於我們無權訪問您的數據，因此我在正方形中模擬了假數據。 有幾種選擇可以做你想做的事。 首先你應該知道density()是一個通用的 function，所以當你在像Microglia_PPP這樣的ppp上調用它時，實際上會調用 function density.ppp density.ppp() 。 這個 function 返回一個im object（實際上是值的二維“圖像”）。 You plot this with plot() which in turn calls plot.im() , so you should read the help file of plot.im() , where it says that the argument col controls the colours used in the plot. 您可以制作顏色 map 覆蓋您感興趣的值范圍並提供該顏色，或者如果您知道其中一個圖像具有您想要使用的顏色 map，您可以保存它並為其他圖像重復使用：

library(spatstat)
set.seed(42)
Microglia_PPP <- runifpoint(100)
Neurons_PPP <- runifpoint(200)
Neurons_Density <- density(Neurons_PPP, sigma = 0.1)
Microglia_Density <- density(Microglia_PPP, sigma = 0.1)
my_colourmap <- plot(Neurons_Density, main = "Neuronal density", col = topo.colors)

plot(Microglia_Density, main = "Microglia density", col = my_colourmap)

請注意，顏色圖是相同的，但僅涵蓋大約 80 到 310 的范圍。超出此范圍的圖像的任何值都不會被繪制，因此它們顯示為白色。

您可以先制作顏色 map，然后將其用於所有繪圖（請參閱help(colourmap) ）：

my_colourmap <- colourmap(topo.colors(256), range = c(40,315))
plot(Neurons_Density, main = "Neuronal density", col = my_colourmap)

plot(Microglia_Density, main = "Microglia density", col = my_colourmap)

最后，如果您希望圖像並排，另一種解決方案是將它們imlist （圖像列表）並使用plot.imlist()和equal.ribbon = TRUE ：

density_list <- as.imlist(list(Neurons_Density, Microglia_Density))
plot(density_list, equal.ribbon = TRUE, main = "")