有沒有辦法讓修拉不過濾掉感興趣的基因？

Question

我試圖確定 Seurat 簇中某些基因的表達，但我認為 Seurat 正在過濾掉這些基因。 有沒有辦法調整參數以在提供的集群中獲得我感興趣的基因？ 謝謝。

這是我的參數

    #Jurkat 
Jurkat.data <- Read10X(data.dir = "C:/Users/cash/Desktop/scRNASeq analysis/Jurkat filtered_feature_bc_matrix/")
JLat.data <- Read10X(data.dir = "D:/scRNASeq PseudoGenome Analysis/JLatPseudo filtered_feature_bc_matrix/")
JLatInduced.data <- Read10X(data.dir = "D:/scRNASeq PseudoGenome Analysis/JLatInducedPseudo filtered_feature_bc_matrix/")
# Set up control object
ctrl <- CreateSeuratObject(counts = JLat.data, project = "JLAT_CTRL", min.cells = 5)
ctrl$stim <- "CTRL"
ctrl <- subset(ctrl, subset = nFeature_RNA > 300)
ctrl <- NormalizeData(ctrl, verbose = FALSE)
ctrl <- FindVariableFeatures(ctrl, selection.method = "vst", nfeatures = 2000)code here

 

Answer 1

FindVariableFeatures function 不過濾基因，它只是選擇數據集中最可變的基因（不考慮簇），以通知聚類並標准化所有其他基因。 即使您感興趣的基因沒有出現在可變基因中，這也不意味着它會被移除。

當您將整個分析運行到 UMAP 階段和 plot 一個 DimPlot 或 Vlnplot 時會發生什么，您能看到您感興趣的基因嗎？ 我相信你應該能夠......

另外，作為一條建議，我建議使用 sctTransform 方法進行規范化。 有關詳細信息，請參見此處。