如何運行 awk 命令？

Question

我正在嘗試學習如何計算多基因風險評分，並且我正在遵循分步教程（這個： https://choishingwan.github.io/PRS-Tutorial/plink/ ）。 但是，我已經被困了 2 個小時，試圖弄清楚如何運行這個命令：

awk 'NR!=1{print $3}' EUR.clumped >  EUR.valid.snp

顯然，這不是我可以在 R 中運行的東西，但顯然通過使用system() ，人們說它應該可以工作。 但事實並非如此。 然后我嘗試在我自己的 windows 命令提示符下運行此命令，但它無法將awk識別為實習生命令。 然后我嘗試使用wsl --install更新我的命令提示符（因為這是我能得出的唯一結論）但顯然我的管理員帳戶需要權限才能這樣做。

Answer 1

如果您能提及幾件事，這將很有用： R 是否給您一個錯誤？

我假設您嘗試在安裝了 awk 的 linux 系統上運行它？ 要檢查是否安裝了 awk，請嘗試在 linux 終端中運行此命令：

which awk

要從 R 中運行 awk 命令，您應該在 awk 命令中使用 \ 轉義 ' 字符，並將整個命令放在引號內：

system('awk \'NR!=1{print $3}\' EUR.clumped > EUR.valid.snp')