我可以在 nextflow 配置中使用多個 conda 環境嗎？

Question

我正在 Nextflow 中編寫一個管道，並希望使用多個不同的 conda（現有）環境來避免工具安裝中的不一致以及共享管道的特定模塊。 Nextflow 文檔 state，最佳實踐是在nextflow.config環境 - 請參閱此處。 . 但是，聲明只是process.conda並且似乎適用於所有進程而不是特定於進程。

我知道我可以在每個進程中指定一個現有的 conda 環境，但我正在努力遵守可移植性的最佳實踐。

由於我無法在網上找到有關此特定問題的任何文檔，因此我嘗試了配置文件中的以下聲明：

profiles {
    conda {
        process.conda = "something" // works but single env for all processes
        fastqc.conda = "something" // where fastqc is the name of the process - FAILS
        process.fastqc.conda = "something" // FAILS
    }
}

我也試過：

profiles {
    conda {
        process {
            withName: fastqc {
                 process.conda = "something"
            }
        }
    }
}

這也失敗並出現錯誤： unknown config attribute withName

有趣的是，

process {
        conda {
            withName: fastqc {
                 process.conda = "something"
            }
        }
    }

確實允許我為每個進程運行不同的 conda 環境，但不能通過-profile選項打開和關閉（因為指定配置文件塊會破壞它）。

Answer 1

不確定是否存在“最佳實踐”，但我認為通常的方法是創建一個單獨的 Conda 配置文件，並使用withName或withLabel 進程選擇器來指定使用conda指令的環境。 例如， conf/conda.config的內容可能如下所示：

process {

    withLabel: 'fastqc' {
        conda = 'fastqc=0.11.8=1'
    }

    withName: 'cutadapt' {
        conda = 'cutadapt=2.10=py37h516909a_0'
    }
}

然后，在您的nextflow.config中，包含一個“conda”配置文件以包含上述配置文件並啟用 Conda 環境。 請注意，后者現在在 Nextflow 的較新版本中是必需的：

includeConfig 'conf/base.config'

profiles {

    'conda' {
        includeConfig 'conf/conda.config'
        conda.enabled = true
    }

在上面的示例中， conf/base.config將始終被應用，而不管配置文件如何，並且可能包含通常的cpus / memory / time指令和errorStrategy等。

Answer 2

我也找不到如何通過nextflow.config執行此操作。

我使用的解決方法是繼續將conda指令指令附加到每個process ，然后在nextflow.config中添加它：

profiles {
    conda {
        conda.enabled = true
    }
}

這樣您仍然可以在 CLI 上使用-profile標志關閉 conda-usage。