Snakemake 無法正確激活 conda 環境

Question

我在名為myenvname modulename

我的snakemake文件包含一個簡單的規則：

rule checker2:
    output:
        "tata.txt"
    conda:
        "myenvname"
    script:
        "scripts/test2.py"

test2.py的內容如下：

import modulename
with open("tata.txt","w") as _f:
    _f.write(modulename.__version__)

當我使用命令snakemake -j 1 --use-conda --conda-frontend conda運行上面的 snakemake 文件時，我得到ModuleNotFoundError ，這意味着我指定的環境中沒有modulename 。 但是，當我執行以下操作時：

conda activate myenvname
python workflow/scripts/test2.py

... 一切都很完美。 我不知道是怎么回事。

完整的錯誤粘貼在下面，出於隱私考慮省略了一些信息。

Traceback (most recent call last):
  File "/OMITTED/.snakemake/scripts/tmpheaxuqjn.test2.py", line 13, in <module>
    import cnvpytor as cnv
ModuleNotFoundError: No module named 'MODULENAME'
[Thu Nov 17 18:27:22 2022]
Error in rule checker2:
    jobid: 0
    output: tata.txt
    conda-env: MYENVNAME

RuleException:
CalledProcessError in line 12 of /OMITTED/workflow/snakefile:
Command 'source /apps/qiime2/miniconda3/bin/activate 'MYENVNAME'; set -euo pipefail;  /OMITTED/.conda/envs/snakemake/bin/python3.1 /OMITTED/.snakemake/scripts/tmpheaxuqjn.test2.py' returned non-zero exit status 1.
  File "/OMITTED/workflow/snakefile", line 12, in __rule_checker2
  File "/OMITTED/.conda/envs/snakemake/lib/python3.10/concurrent/futures/thread.py", line 58, in run
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message
Complete log: /OMITTED/.snakemake/log/2022-11-17T182715.495739.snakemake.log

編輯：腳本中的拼寫錯誤已修復，拼寫錯誤不在我正在運行的腳本中，所以這不是這里的問題。

EDIT2：我從評論中嘗試了兩種不同的嘗試。 所有這三個嘗試都使用相同的 CLI 命令snakemake -j 1 --use-conda --conda-frontend conda

嘗試 1

snakemake 中的規則：

rule checker3:
    output:
        "tata.txt"
    conda:
        "myenvname"
    shell:
        """
        conda env list >> {output}
        conda list >> {output}
        """

在 output 文件中，我有以下內容（我刪除了很多環境和包）：

# conda environments:
#
...
myenvname              *  /OMITTED/.conda/envs/myenvname
...
# packages in environment at /OMITTED/.conda/envs/myenvname:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
...
modulename                  1.2                       dev_0    <develop>
...

這個嘗試證明了 conda 環境是激活的，並且這個環境有modulename 。

嘗試 2

與運行腳本相同，但我修改了腳本以包含

import time; time.sleep(30); import modulename

所以我可以在刪除之前獲取可運行的腳本。 該腳本在開頭插入了以下內容：

######## snakemake preamble start (automatically inserted, do not edit) ########
import sys; sys.path.extend(['/OMITTED/.conda/envs/snakemake/lib/python3.10/site-packages', '/OMITTED/MYWORKINGDIRECTORY/workflow/scripts']); import pickle; snakemake = pickle.loads(####a lot of stuff here###); from snakemake.logging import logger; logger.printshellcmds = False; __real_file__ = __file__; __file__ = '/OMITTED/MYWORKINGDIRECTORY/workflow/scripts/test3.py';
######## snakemake preamble end #########

我不知道如何處理這些信息。

嘗試 3

我沒有運行腳本，而是運行了一個運行 python 腳本的 shell 命令。

rule checker4:
    output:
        "tata.txt"
    conda:
        "myenvname"
    shell:
        "python workflow/scripts/test3.py"

它有效（沒有顯示錯誤），當我打開“tata.txt”時，我發現“1.2”是我模塊的版本。

結論

snakemake 實際上激活了適當的環境，但問題出在script部分。 我不知道這是為什么。

這里有一個類似的問題，所以這是一個重復的問題。

Answer 1

問題得到解答。 Snakemake 實際上激活了正確的環境，但是運行 python 腳本與該script沖突。 我不知道這是snakemake （版本為6.14.0 ）中的錯誤還是故意的。 我已經通過shell命令和python workflow/scripts/MyScript.py運行 python 腳本解決了這個問題——這有點問題，因為我必須包含一個通常由 snakemake object 解決的 CLI 包裝器。