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運行 OSX 13.1 的 M1Mac 中的 GNU 並行使用

[英]GNU Parallel Usage in M1Mac running OSX 13.1

我在 MacStudio 中安裝了 brew 並行 gnu;

(base) ~ % brew info parallel
==> parallel: stable 20221222 (bottled), HEAD
Shell command parallelization utility
https://savannah.gnu.org/projects/parallel/

(base) ~ % parallel --version
GNU parallel 20221222
Copyright (C) 2007-2022 Ole Tange, http://ole.tange.dk and Free Software
Foundation, Inc.

我用sed演奏了pipe-part ,如下所示;

parallel -a -eta -vv SRR8758324_2.fastq -k --block 30M --pipe-part 'sed "s/+.*/+/"' > SRR8758324_2.mod.fastq

當我通過 htop 監控 cpu 使用情況時,我可以看到所有 20 個內核都亮了。

但是,當我解雇追隨者時;

parallel -j 20 --eta  -vv 'sed "s/+.*/+/"'  :::  SRR8758324_2.fastq > SRR8758324_2.mod.fastq 

只使用了一個核心。 我真的很感激指出我所缺少的東西。

                  'c.          
                 ,xNMM.          
               .OMMMMo           OS: macOS 13.1 22C65 arm64
               OMMM0,            Host: Mac13,2
     .;loddo:' loolloddol;.      Kernel: 22.2.0
   cKMMMMMMMMMMNWMMMMMMMMMM0:    Uptime: 9 hours, 19 mins
 .KMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMWd.    Packages: 181 (brew)
 XMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMX.      Shell: zsh 5.9
;MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM:       Resolution: 3440x1440
:MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM:       DE: Aqua
.MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMX.      WM: Quartz Compositor
 kMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMWd.    WM Theme: Blue (Light)
 .XMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMk   Terminal: iTerm2
  .XMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMK.   Terminal Font: Monaco 10
    kMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMd     CPU: Apple M1 Ultra
     ;KMMMMMMMWXXWMMMMMMMk.      GPU: Apple M1 Ultra
       .cooc,.    .,coo:.        Memory: 3099MiB / 131072MiB 

在第二個示例中,您只是在一個文件上運行sed的一個實例。

在第一個中,由於--pipe-part ,您要求GNU Parallel將文件拆分為塊並在新作業中處理每個塊。

暫無
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