安裝尚未安裝的所有CRAN包？

Question

以下R命令將安裝所有CRAN包：

availablePackages <- available.packages()[,1]
install.packages(availablePackages)

以下命令將列出所有已安裝的軟件包：

installedPackages <- .packages(all.available = TRUE)

我的問題是： 如何指示R安裝尚未安裝的所有CRAN軟件包？

Answer 1

坦率地說，我認為這是艱苦的工作......它會持續數天，甚至數周（取決於資源），但這里是代碼（我只是喜歡做一些瑣碎的事情）：

# get names of installed packages
packs <- installed.packages()
exc <- names(packs[,'Package'])

# get available package names
av <- names(available.packages()[,1])

# create loooong string
ins <- av[!av %in% exc]
install.packages(ins)

我仍然不明白為什么你這樣做，但是，嘿......有些事情本來就不應該......最讓我感到驚訝的是你已經回答了自己的問題！ 你得到了你需要的東西，這取決於你把事情放在一起......我們錯過了這一點嗎？ 你還有別的想法嗎？！？

Answer 2

1）你為什么要那樣做？ 他們有超過3500 （截至2012年2月）？

2）您是否看過CRAN任務視圖和允許您從給定任務安裝軟件包的ctv軟件包？

3）你粗體問題是一個簡單的索引查詢，你可以手工完成（除此之外，還看到help(sets) ）

R> available <- LETTERS                  # a simple set
R> installed <- LETTERS[c(1:10, 15:26)]  # a simple subset
R> available[ ! available %in% installed ]
[1] "K" "L" "M" "N"
R> 

編輯：回復您的后續行動：

a）如果軟件包在Linux和Windows上未通過“R CMD check”，則不會上傳到CRAN。 這樣的工作就完成了。

b）獲得所有取決於你最終的工作也是如你所見。 我們為http://debian.cran.r-project.org （它做了完整的Debian軟件包構建，而不僅僅是安裝）的cran2deb做了這個。 在2150個包中，我們得到了大約2050個。 有一些我們拒絕建立因為許可證，一些我們不能因為缺少標題或庫而我們無法構建因為他們需要例如BioConductor包。

Answer 3

輸入此命令，然后將自動安裝所有包：

install.packages(available.packages()[,1])

Answer 4

我已經測試了這個並且它有效

availablePackages=available.packages()
availablePackages<-as.vector(availablePackages[,1])
installedPackages=.packages(all.available = TRUE)
missedPackages<-setdiff(availablePackages, installedPackages)
for (i in 1:length(missedPackages))
{
pkgName <- missedPackages[i]
install.packages(pkgName)
}
print("END")

問候

Answer 5

如果你使用更好：

    check.and.install.Package<-function(package_name){
        if(!package_name%in%installed.packages()){
           install.packages(package_name)
        }
     }

調用該函數並檢查是否安裝了所需的包：

    check.and.install.Package("pkgName")