Perl Oneliner解析正則表達式中的多個條件

Question

我有一個文件，其中包含如下所示的行：

>AF001546_1 [88 - 462] 1 MGQQ
>AF001543_1 [88 - 261] ACGT

並不是每行都包含6個OR 5字段。 我想要做的是捕獲字段1,2,3（僅限數字），5（僅限數字）和最后一個字段（ACGT或MGOQ字符串）。

所以預期的輸出是這樣的：

>AF001546_1 88 462 MGQQ
>AF001543_1 88 261 ACGT

現在我使用的perl單行是這個，但失敗了：

perl -lne 'print "$1 $2 $3 $4" if /(\w+)_\d+\D+(\d+)\D+(\d+)\](\D+)/' 

做正確的方法是什么？

Answer 1

perl -lne 'print "$1 $2 $3 $4" if /(>\w+)\D+(\d+)\D+(\d+)\D+\d*\s+(\w+)/'

Answer 2

您還使用以下代碼

use strict;
use warnings;

my $str=">AF001546_1 [88 - 462] 1 MGQQ";

if($str=~/(\w+)\s\D([0-9]{2}) - ([0-9]{3})\D\s\d\s(.*)/)
{
     print "$1 $2 $3 $4\n";
}

Answer 3

while(<>){
 chomp;
 s/\[|\]//g;
 if ($_ =~ /^>/){
    @s = split /\s+/;
    print "$s[0] $s[1] $s[3]\n";
 }    
}

$ perl -F"\s+" -lane '$F[3]=~s/\]//;$F[1]=~s/\[//;print "$F[0] $F[1] $F[3]";' file
>AF001546_1 88 462
>AF001543_1 88 261

Answer 4

試試這個perl -lne'print'$ 1 $ 2 $ 3 $ 4“如果/（\\ w +）_ \\ d + \\ D +（\\ d +）\\ D +（\\ d +）]（\\ D +）/ m'

你需要使用修飾符/ m

Answer 5

根據空白的靈活性，這是相當可讀的：

print "$1 $2 $3 $4" if /([^_]+)_\d+ \[(\d+) - (\d+)\] (?:\d+ )?(.*)/